1．低倍鏡的使用
（1）檢查：右手握鏡臂，從鏡箱內取出顯微鏡，左手托鏡座，輕輕放在實驗桌上。先檢查一下顯微鏡各部件有無損壞，如發現有損壞或性能不良者，立即報告教師請求處理。
（2）準備：將顯微鏡放于前方略偏左側，必要時使鏡筒傾斜（有的顯微鏡本身已經傾斜）以便觀察。轉動粗調節鈕，將鏡筒略升高（或將載物臺下降）使物鏡與載物臺距離略拉開。再旋轉物鏡轉換器，將低倍鏡對準載物臺*的通光孔（可聽到“咔噠”聲）。
（3）對光：打開光圈，上升聚光器，雙眼同時睜開，以左眼向目鏡內觀察，同時調節反光鏡的方向，直到視野內光線明亮均勻為止。反光鏡的平面鏡易把其他景物映入視野，一般用凹面鏡對光。
（4）放標本片：標本片的蓋片朝上，將標本片放到載物臺前方，然后推到物鏡下面，用壓片夾壓住，如有標本移動器，可用上面的彈簧夾夾住標本片，然后把要觀察的部分移到通光孔的正*。
（5）調節焦距：從顯微鏡側面注視物鏡鏡頭，同時旋轉粗調節鈕，使鏡筒緩慢下降(或鏡臺上升)，大約低倍鏡頭與玻片間的距離約5mm時，再用左眼從目鏡里觀察視野，左手慢慢轉動粗調節鈕，使鏡筒緩緩上升，直至視野中出現物像為止。如物像不太清晰，可轉動細調節鈕，使物像更加清晰。
如果按上述操作步驟仍看不到物像時，可能由以下原因造成：
①轉動調節鈕太快，超過焦點。應按上述步驟重新調節焦距．
②物鏡沒有對正，應對正后再觀察。
③標本沒有放到視野內，應移動標本片尋找觀察對象。
④光線太強，尤其觀察比較透明的標本片或沒有染色的標本時，易出現這種現象，應將光線調暗一些后，再觀察。
2．高倍鏡的使用
（1）依照上述操作步驟，先用低倍鏡找到清晰物像。
（2）將需要觀察的部分移到視野的*。
（3）眼睛從側面注視物鏡，用手移動轉換器，換高倍鏡。
（4）眼睛向目鏡內觀察，同時微微上下轉動細調節鈕，直至視野內看到清晰的物像為止。
如按上述操作仍看不到物像時，可能由下列原因造成：
①觀察的部分不在視野內，應在低倍鏡下尋找到后，移到視野*，再換高倍鏡觀察。
②標本片放反了，應把標本片放正之后，再按上述步驟操作。
③焦距沒調好，應仔細調節焦距。
有的顯微鏡高倍鏡與低倍鏡不配套，從低倍鏡轉換高倍鏡時，往往轉不過來或撞壞標本，如遇到這種情況，可把鏡筒略升高(或載物臺下降)，直接用高倍鏡調焦。
方法是：從側面注視物鏡，調節粗調節鈕，使高倍鏡頭下降至與標本片zui短距離，再觀察目鏡視野，慢慢調節細調節鈕，使鏡頭緩緩上升，直至物像清晰為止。
如需要更換標本片時，應該先把鏡筒升高(或載物臺下降)，然后把標本片移到載物臺前方，再取下。
3．油鏡的使用
應先調低倍鏡、高倍鏡找到要觀察的物像，然后再用油鏡觀察，操作如下：
（1）先用低干燥系物鏡觀察標本的概況。
（2）更換高倍干燥系物鏡，把所要觀察的部分移到視野*。
（3）把鏡筒上升約1.5厘米，再把油鏡轉到工作位置
（4）在蓋玻片上所要觀察的位置滴一小滴香柏油（或石蠟油）。當使用N.A.＞1.0的浸沒系物鏡或暗視野斜照明時，在聚光器上也要滴油（一般省去在聚光器上滴油這一步驟）。
（5）細心擰動粗調焦螺旋，使鏡筒慢慢下降。這時要仔細觀察物鏡前端與標本之間的距離，先使物鏡前端與油滴接觸，然后再慢慢下降鏡筒，至物鏡前端接近而沒有碰到蓋玻片為止。這步操作要特別小心，防止油鏡壓碎標本或損壞油鏡（油鏡的工作距離約0.2mm）。
（6）眼睛要看目鏡中，擰動細調焦螺旋，使鏡筒慢慢上升到能看清標本。這步操作要特別注意不要把細調焦螺旋的方向擰錯，以防壓碎標本。
（7）看清標本后，取下目鏡，直接向鏡筒中看，把聚光器下的可變光瀾關到zui小，再慢慢開大，開到它的口徑與視場的直徑恰好一樣大，即使聚光器的鏡口率與物鏡的鏡口率相配合。如果聚光器的鏡口率小于物鏡的鏡口率，則物鏡的鏡口率就不能充分發揮。
（8）觀察完畢后，提升鏡筒約1厘米，把油鏡轉離光軸，及時作清潔工作。先用干的擦鏡紙擦一、二次，把大部分油去掉，再用二甲苯滴濕的擦鏡紙擦兩次，zui后再用干擦鏡紙擦一次。擦拭時要順鏡頭的直徑方向，不要沿鏡頭的圓周擦。擦拭要細心，動作要輕，不可用力擦。如果聚光器上有滴油也要同樣清潔。載波片上的油可用“拉紙法”擦凈，即把一小張擦鏡紙蓋在載玻片油滴上，在紙上滴一些二甲苯，趁濕把紙往外拉，這樣連續作3—4次，即可干凈。（如果是使用石蠟油，清潔時紙用擦鏡紙不必沾二甲苯，等到實驗一個階段后，再用二甲苯擦拭。）
（9）把聚光器下降約1厘米，把載物臺上的標本移動架移到適當位置。