1．搬動顯微鏡時，要一手握鏡臂，一手扶鏡座，兩上臂緊靠胸壁。切勿一手斜提，前后擺動，以防鏡頭或其他零件跌落。
2．觀察標本時，顯微鏡離實驗臺邊緣應保持一定距離(5cm)，以免顯微鏡翻倒落地。鏡柱與鏡臂間的傾斜角度不得超過45度，用完立即還原。
3．使用時要嚴格按步驟操作，熟悉顯微鏡各部件性能，掌握粗、細調節鈕的轉動方向與鏡筒升降關系。轉動粗調節鈕向下時，眼睛必須注視物鏡頭。
4．觀察帶有液體的臨時標本時要加蓋片，不能使用傾斜關節，以免液體污染鏡頭和顯微鏡。
5．粗、細調節鈕要配合使用，細調節鈕不能單方向過度旋轉，調節焦距時，要從側面注視鏡筒下降，以免壓壞標本和鏡頭。
6．用單筒顯微鏡觀察標本，應雙眼同時睜開，左眼觀察物像，右眼用以繪圖，左手調節焦距，右手移動標本或繪圖。
7．禁止隨意擰開或調換目鏡、物鏡和聚光器等零件。
8．顯微鏡光學部件有污垢，可用擦鏡紙或綢布擦凈，切勿用手指、粗紙或手帕去擦，以防損壞鏡面。
9．凡有腐蝕性和揮發性的化學試劑和藥品，如碘、乙醇溶液、酸類、堿類等都不可與顯微鏡接觸，如不慎污染時，應立即擦干凈。不要任意取下目鏡，謹防灰塵落入鏡筒。
10．使用油鏡觀察樣品后，隨即用二甲苯將油鏡鏡頭和載波片擦凈，以防其他的物鏡玻璃上沾上香柏油。二甲苯有毒，使用后馬上洗手。
11．實驗完畢，要將玻片取出，用擦鏡紙將鏡頭擦拭干凈后移開，不能與通光孔相對。用綢布包好，放回鏡箱。切不可把顯微鏡放在直射光線下曝曬。