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自動進樣器在生化分析儀器，色譜分析儀器中有著廣泛應用，它的運行可靠性和性直接影響著分析結果。液相色譜系統大多使用自動進樣器引入樣品，正確使用自動進樣器是保證液相色譜系統分離度的基本條件，用自動進樣器注入適當體積的標準樣品可為峰高和峰面積的測量提供小于1%的標準偏差。
自動進樣器需要維護的一部分是注射器。天天都需要檢查毛細管和注射器中是否有氣泡。系統中存在的氣泡會引起定量不準，導致分析結果錯誤。用戶可以按照儀器的使用手冊來排除氣泡。假如氣泡仍然吸附于注射器中，就需要進行清洗了。清洗時可以使用中性洗滌劑清洗，然后用往離子水淋洗干凈。確認清洗過程中沒有污染引進注射器中。清洗過程中千萬小心，不要將柱塞弄彎。
自動進樣器中的洗瓶、注射器和毛細管組件都需要進行日常維護，細心的維護能夠zui大限度的減少污染，進步分析結果的重復性。
自動進樣器的日常維護：
（1）定期檢查各傳動桿是否足夠潤滑，必要時先用酒精棉球擦拭干凈后再給這些桿涂 抹少量液體潤滑油，臟的傳動桿使阻力增大從而造成自動進樣器在取樣過程中由于馬達過熱導致出錯。
（2）檢查取樣爪子的綠色膠套時否損壞，如果是請更換之，否則會使樣品放置位置不正確而導致如針，針座等損壞。
（3）用酒精棉簽擦拭針座防止灰塵污染堵塞針與針座。
（4）若場地確實灰塵較多，建議購買自動進樣器門，棕色門還可以幫助防止見光敏感的樣品。
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