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氨基柱既可以正相使用，也可以反相使用，但是要注意到的是：正相溶劑和反相溶劑往往是不互溶的，正常情況新氨基柱保存在正相環境中，例如LUNA氨基柱保存在正己烷-乙腈(99：1)中。
1、正相使用
新柱子可直接用流動相。推薦先用正己烷-乙腈(99：1)以0.5ml/min的流速沖10倍柱體積，再根據流動相選用極性相近的仿或二氯甲烷以相同的流速沖10倍柱體積，后換成流動相。
1.1正相使用時，不宜分析含醛基、羰基的化合物，不可用于還原糖的分析;流動相要*脫氣，并不得含有羰基化合物和過氧化物(質量不好的yi醚、四呋喃含有少量)。
1.2任何時候更換流動相時都要確保新流動相與柱子原保存液可互溶。
2、反相使用
2.1、先用正己烷-乙腈(99：1)以0.5ml/min的流速沖10倍柱體積，再依次以相同的流速相同的用量用仿、異丙醇、甲醇、甲醇-水(50：50)沖柱子。
2.2、以0.5ml/min的流速用30倍柱體積的pH11.0的氧化鈉(LUNA)水溶液沖柱子(注意pH值切不可超過11.0)，立即用水( 0.5ml/min的流速，30倍柱體積)沖洗，再換成流動相。
2.3、配制流動相時，應各組分分別量取，比例較小的組分要精密量取，需調pH值時要精密到0.1。
2.4、反相條件下使用時，要特別注意控制pH值范圍，pH值越低越有發生水解的危險，流動相中水的比例越高當然也越有發生水解的危險。的pH范圍在
2.5、如果要使用的流動相中還含有緩沖鹽類，建議在用分析流動相之前，先用不含緩沖鹽的同比例流動相過渡，這樣可避免緩沖鹽在分析柱內的析出。
2.6、有一種情況是，當使用氨基柱進行酸性物質的分析時，酸性物質的存在意味著質子的存在，可能會使略帶負電荷的氨基官能團質子化，導致使用一段時間后對于某些類的分析物保留性質有所改變或表現在柱效下降。建議：用5-10倍的柱體積的含0.5-1.0%NH3的乙腈-水(50:50)溶液沖洗該柱(沖洗后當然要再用不含堿的流動相洗去多余氨)，之后再進行分析這類酸性分析物時建議在流動相中略微添加少許氨如0.1%。
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