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操作臺式高速實驗室離心機時應先將機器放置于平面桌或平面臺上，四只機腳應堅實接觸平面，目測使之平衡，用手輕搖一下機器，檢查離心機是否放置平穩。
設置相應轉子號、轉速、離心力、溫度、時間和升降速檔位。用機械鍵或者觸控鍵選擇顯示屏上相應選項，將其調整到所需參數，按確定鍵確認保存參數，選擇的轉子號必須對應即將運轉的轉子，設置的轉速和離心力不得超過所對應的轉子號的額定轉速和離心力。
打開門蓋，將離心管放入轉子體內，離心管必須成偶數對稱放入，注意把轉子體上的螺釘旋緊，并重新檢查試管是否對稱放入、螺釘是否旋緊。關上門蓋，注意一定要使門蓋鎖緊，完畢用手檢查門蓋是否關緊，插上電源插座，按啟動鍵運行，轉速或離心力開始上升直至穩定在所設定的數值上。轉速、離心力顯示值分別為轉子的實際轉速、實際離心力，溫度顯示值為離心室內的實際溫度，時間顯示值為剩余時間。
臺式高速實驗室離心機運行中不能設定和修改轉子號、程序組、升降速檔位，可修改轉速、離心力、溫度和時間。該機具有20種自定義程序組存儲功能。程序組設置方式是用上下翻頁鍵選擇“程序設置”，當需要調用已設定的參數時，用上下翻頁鍵選擇“程序設置”，將其調整到需要使用的程序組，調用相應的程序組即可。
當時間遞減為0或按停止鍵時，蜂鳴器報警，轉速或離心力開始下降，下降至0表示已停機，蜂鳴器報警結束后，可打開離心機門蓋取出離心管。
當分離樣品對溫度有較高要求時，離心機應先預運行，離心室內達到設定溫度后，再將分離樣品放入離心機內進行分離。
運行完畢，不使用時，關閉電源開關，拔下電源線插頭。
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