方差分析缺區的情況下，試驗中的受影響的效應、自由度、SS等需要調整，多重比較也應該進行相應的調整，以LSD為例，

如果試驗沒有缺區，

如果有缺區，

MSE是試驗誤差。

為了看的更清楚，分別給出農博士育種家軟件（農博士數據采集匯總工具軟件具同樣功能）不缺區和缺1區（品種1，地點1，區組1，缺失1小區數據）的情況下分析對比切圖： 

一年多點試驗 

不缺區時方差分析表

缺1區方差分析表

不缺區時LSD值和Duncan值

缺1區（品種1，地點1，區組1，缺失數據）LSD值和Duncan值

示例：上圖中，品種5和品種6比較，LSD（5%）取1.04932用于比較差異顯著性，而品種5和品種1間比較，LSD（5%）取1.08615用于比較差異顯著性。

小結：不缺區時，多重比較的LSD（5%）值，就是一個值，缺區時，要視缺區位置，計算選用調整后的LSD（5%）值。

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