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液相色譜儀只要求樣品能制成溶液，不受樣品揮發性的限制，流動相可選擇的范圍寬，固定相的種類繁多，因而可以分離熱不穩定和非揮發性的、離解的和非離解的以及各種分子量范圍的物質。
液相色譜儀的系統由儲液器、泵、進樣器、色譜柱、檢測器、記錄儀等幾部分組成。儲液器中的流動相被高壓泵打入系統，樣品溶液經進樣器進入流動相，被流動相載入色譜柱（固定相） 內，由于樣品溶液中的各組分在兩相中具有不同的分配系數，在兩相中作相對運動時，經過反復多次的吸附- 解吸的分配過程，各組分在移動速度上產生較大的差別，被分離成單個組分依次從柱內流出，通過檢測器時，樣品濃度被轉換成電信號傳送到記錄儀，數據以圖譜形式打印出來。
液相色譜儀按其分離機理，可分為四種類型。
吸附色譜法的固定相為吸附劑，色譜的分離過程是在吸附劑表面進行的，不進入固定相的內部。與氣相色譜不同，流動相（即溶劑）分子也與吸附劑表面發生吸附作用。在吸附劑表面，樣品分子與流動相分子進行吸附競爭，因此流動相的選擇對分離效果有很大的影響，進口液相色譜儀一般可采用梯度淋洗法來提高色譜分離效率。
在聚合物的分析中，吸附色譜一般用來分離添加劑，如偶氮染料、抗氧化劑、表面活性劑等，也可用于石油烴類的組成分析。
分配色譜法
這種色譜的流動相和固定相都是液體，樣品分子在兩個液相之間很快達到平衡分配，利用各組分在兩相中分配系數的差異進行分離，類似于萃取過程。
一般常用的固定液有（ODPN）、聚乙二醇（PEG400～4000）、*撐乙二醇（TMG）和角鯊烷（SQ）。采用與氣相色譜（GC）同樣的方法，將固定液涂漬在多孔的載體表面，但在使用中固定液易流失。目前，應用較多的是鍵合固定相。在這種固體相中，固定液不是涂在載體表面，而是通過化學反應在純硅膠顆粒表面鍵合上某種有機基團。
例如，利用氯代十八烷基硅烷與硅膠表面的羥基（-OH）之間的反應就可以形成一烷基化表面。這種固定液的優點是不易被流動相剝蝕。在分配色譜法中，流動相可為純溶劑，也可以采用混合溶劑進行梯度淋洗，其極性應與固定液差別大一些，以避免兩者之間相溶。
與試樣預處理技術相配合，液相色譜儀所達到的高分辨率和高靈敏度，使分離和同時測定性質上十分相近的物質成為可能，能夠分離復雜相體中的微量成分。隨著固定相的發展，有可能在充分保持生化物質活性的條件下完成其分離。
液相色譜儀有“四高一廣”的特點：
①高壓：流動相為液體，流經色譜柱時，受到的阻力較大，為了能迅速通過色譜柱，必須對載液加高壓。
②高速：分析速度快、載液流速快，較經典液體色譜法速度快得多，通常分析一個樣品在15～30分鐘，有些樣品甚至在5分鐘內即可完成，一般小于1小時。
③：分離效能高。可選擇固定相和流動相以達到分離效果，比工業精餾塔和氣相色譜的分離效能高出許多倍。
④高靈敏度：紫外檢測器可達0.01ng，進樣量在μL數量級。
⑤應用范圍廣：百分之七十以上的有機化合物可用液相色譜分析，特別是高沸點、大分子、強極性、熱穩定性差化合物的分離分析，顯示出優勢。
⑥柱子可反復使用：用一根柱子可分離不同化合物
⑦樣品量少、容易回收：樣品經過色譜柱后不被破壞，可以收集單一組分或做制備。
此外液相色譜還有色譜柱可反復使用、樣品不被破壞、易回收等優點，但也有缺點，與氣相色譜相比各有所長，相互補充。液相色譜的缺點是有“柱外效應”。在從進樣到檢測器之間，除了柱子以外的任何死空間（進樣器、柱接頭、連接管和檢測池等）中，如果流動相的流型有變化，被分離物質的任何擴散和滯留都會顯著地導致色譜峰的加寬，柱效率降低。液相色譜檢測器的靈敏度不及氣相色譜。
液相色譜儀成為解決生化分析問題zui有前途的方法。由于液相色譜儀具有高分辨率、高靈敏度、速度快、色譜柱可反復利用，流出組分易收集等優點，因而被廣泛應用到生物化學、食品分析、醫藥研究、環境分析、無機分析等各種領域。液相色譜儀與結構儀器的聯用是一個重要的發展方向。
液相色譜儀質譜聯用技術受到普遍重視，如分析氨基甲酸酯農藥和多核芳烴等； 液相色譜- 紅外光譜聯用也發展很快，如在環境污染分析測定水中的烴類，海水中的不揮發烴類，使環境污染分析得到新的發展。
造成這種情況的原因一般是色譜柱被污染，或柱頭填料塌陷導致的。
進口液相色譜儀對于*種情況，先用純水反向沖洗柱子，然后換成甲醇沖洗，接著用甲醇+異丙醇（4+6）沖洗柱子（沖洗時間的長短由樣品污染的情況而定），再換成甲醇沖洗，然后用純水沖洗，zui后甲醇沖洗正向沖洗柱子30分鐘以上。如沖洗后依然出峰不佳，則考慮第二種情況。
對于第二種情況，擰開柱頭，檢查柱填料是否硬結或塌陷。去除硬結部分（污染的填料），裝入新填料，滴一滴甲醇，填料下陷，再填，用與柱內徑相同的頂端平滑的不銹鋼桿壓緊，再填平，滴甲醇，再壓緊反復幾次，直至裝滿填平。柱頭用甲醇沖洗干凈，擦凈柱外壁的填料，擰緊柱頭，用純甲醇沖洗30分鐘以上。
對液相色譜儀的要求
1.流動相必須用HPLC級的試劑，使用前過濾除去其中的顆粒性雜質和其他物質（使用0.45μm或更細的膜過濾）。
2.流動相過濾后要用超聲波脫氣，脫氣后應該恢復到室溫后使用。
3.不能用純乙腈作為流動相，這樣會使單向閥粘住而導致泵不進液。
4.使用緩沖溶液時，做完樣品后應立即用去離子水沖洗管路及柱子一小時，然后用甲醇（或甲醇水溶液）沖洗40分鐘以上，以充分洗去離子。對于柱塞桿外部，做完樣品后也必須用去離子水沖洗20mL以上。
5.長時間不用儀器，應該將柱子取下用堵頭封好保存，注意不能用純水保存柱子，而應該用有機相（如，甲醇等），因為，純水易長霉。
6.每次做完樣品后應該用溶解樣品的溶劑清洗進樣器。
7.C18柱不能進蛋白樣品，血樣、生物樣品。
8.堵塞導致壓力太大，按預柱→混合器中的過濾器→管路過濾器→單向閥檢查并清洗，清洗方法：
①以異丙醇作溶劑沖洗；
②放在異丙醇中間用超聲波清洗；
③用10％稀硝酸清洗；
9.氣泡會致使壓力不穩，重現性差，所以在使用過程中要盡量避免產生氣泡。
10.如果進液管內不進液體時，要使用注射器吸液：通常在輸液前要進行流動相的清洗。
11.進口液相色譜儀要注意柱子的pH值范圍，不得注射強酸強堿的樣品，特別是堿性樣品。
12.更換流動相時應該先將吸濾頭部分放入燒杯中邊振動邊靖洗，然后插入新的流動相中。更換無互溶性的流動相時要用異丙醇過渡一下。
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