找較準確的小型水平尺，微量迷你離心機蓋子打開，在主軸上找水平，通過調整4個腳輪旁邊的調整螺栓的擰動來找好水平。運轉時使用制冷，由于空氣的水分，在離心腔內結霜，停機后霜化為水。沒有排水孔，離心腔中水愈積愈多，在重新安裝轉子時，一定要裝好，避免出事故。應連同離心管套、管墊等一起準確稱量平衡，如只離心一個（或不成對的）樣本，必須將有樣品離心管套、管墊同時準確稱量平衡。離心液面距離心管口至少應留2cm的距離，以免離心時離心液濺出。

    檢查離心機內有無異物和無用的套管，并且運轉平穩。將已配平的兩個套管對稱地放置于離心機的離心平臺上。蓋好上蓋，開啟電源，調節定時旋紐于所需要的時間，慢慢推動轉速調節桿，增加離心機的轉速。當微量迷你離心機的轉速達到要求時，記錄離心時間，達到離心時間后，逐漸減速，斷開電源，當離心機自然停止后，取出離心管和離心套管，倒往離心套管內的平衡用水并將套管顛倒于干燥處晾干。特別要防止在離心機運轉期間，因不平衡或試管墊老化，而使離心機邊工作邊移動，一致從實驗臺上掉下來，或因蓋子未蓋，離心管因振動而破裂后，玻璃碎片旋轉飛出，造成事故。