酶聯免疫檢測試劑盒如果實驗君的實驗樣品為人、小鼠或大鼠樣品，那么要選擇一個合適的試劑盒相對容易，但如果您的實驗樣品來源于其他物種如雞、牛、猴等，則市面上能提供的試劑盒種類卻很少。且不可輕信能提供近萬種試劑盒，覆蓋多物種的供應商。但如果又非要檢測這些物種的指標時，要對待檢物（如有種屬差異性）進行同源性分析以及試劑盒的種屬交叉反應數據。對于樣品類型而言，一般的商業化試劑盒都經過血清、血漿和細胞培養上清液的驗證。在選擇試劑盒時，要詳細閱讀說明書，比如血漿樣本抗凝劑的使用是否與試劑盒兼容。
另外，酶聯免疫檢測試劑盒在某些情形下樣品中會存在干擾因素比如溶血血漿、高脂肪含量的樣品、人抗鼠抗體（HAMA）、細胞培養上清中含胎牛血清等。因此需根據樣品來選擇試劑盒，必要時還要根據樣本來適當優化。或在樣品收集前，先閱讀一些可靠供應商試劑盒的說明書或直接咨詢。如果您的樣品為組織或細胞裂解物，則需要更謹慎的選擇試劑盒。市面上大多數的商業化試劑盒沒有經過多種來源組織樣本的驗證。這需要實驗君能理解不是所有試劑盒所用的抗體對，都能特異的從一堆裂解物蛋白中特異檢出您的目的蛋白，還要考慮組織樣品的基質效應（Matrix Effect）等。但如果實驗君要了解組織樣品的制備問題，我們另起一文來總結。