目前zui流行的測定光合速率的方法是通過測定CO2吸收的紅外線CO2氣體分析儀法（光合儀）以及通過測定O2釋放的氧電極法。然而，究竟那一種方法測定準確，什么樣的方法才是自己實驗的方法呢？
光合儀和氧電極測定光合速率的區別：
用氧電極測定的光合速率要大于用光合儀測定的光合速率。
根據光合作用的總反應式：
CO2 + 2H2O* + 4.69kJ → (CH2O) + O*2↑+ H2O
無論用氧電極測定O2的釋放還是用光合儀（紅外線CO2氣體分析儀法）測定CO2的吸收測定光合速率應該相同，然而實際情況并非如此。
光合作用過程中每生成一個O2分子將會有四個電子進入電子傳遞鏈，經過電子傳遞體的電子傳遞過程，傳遞給NADPH，NADPH和ATP還原一個CO2分子，這種情況下是相等的。然而，電子經電子傳遞鏈后并非都將電子傳遞給NADPH。部分電子傳給氧，進入米勒反應，還有部分電子用在氮（N）代謝和硫（S）代謝和光呼吸過程中，在逆境條件下用來非還原CO2的電子比例增加。因此，實際情況下并非是每釋放一個O2分子就吸收一個CO2分子。
再者液相氧電極測定O2的釋放過程是在NaHCO3溶液中進行的，NaHCO3溶液提供飽和CO2，且消除了氣孔限制對光合速率的影響。氣相氧電極測定O2的釋放也是在飽和CO2條件下測定，還有就是氧電極測定光合速率是在離體條件下測定。而光合儀（紅外線CO2氣體分析儀法）測定CO2的吸收，受到氣孔和CO2濃度的限制，因此用光合儀和氧電極測定的光合速率的的大小是不一致的。一般來說，用氧電極測定的光合速率要大于用光合儀測定的光合速率。

光合儀和氧電極測定光合速率各自的特點：
氧電極
氧電極測定的光合速率不能真正反映植物在實際條件下的碳同化速率。但在某些研究中，人們需要知道植物的放氧速率，比較植物放氧和同化CO2速率的差異，從而了解光合電子在不同途徑的分配情況。加入不同的抑制劑，可以研究光合電子傳遞途徑，氧電極法除了可以測定光合速率外，還可以用于測定各種生物體及活性物質的耗氧或放氧反應，例如可以測定某些酶的活性及呼吸途徑的研究，并且能夠很好地控制反應條件。用氧電極測定光合速率可以消除氣孔限制對光合的影響，為科研提供有力的數據支持。zui重要的一點就是應用液相氧電極，可以測定一些光合儀不能測定的小的植物材料如藻類、苔蘚類、浮游植物、懸浮細胞、芽、莖等的光合速率。
然而，作為光合速率的測定方法，氧電極法測定指標單一，不能測定氣孔導度、蒸騰速率、CO2補償點、CO2飽和點等光合作用重要參數。
光合儀
很多剛入學的研究生會覺得光合儀就是測定光合速率，，其實不然，光合儀有著廣泛的用途。
光合儀用來從事植物葉片光合作用、蒸騰作用、呼吸作用等相關研究。測量參數包括CO2濃度、凈光合速率、蒸騰速率、胞間CO2濃度、氣孔導度、大氣濕度、空氣溫度、葉片溫度、蒸汽壓虧缺、大氣壓、光強、、Ci/Ca等，并且通過系統自帶的自動測量程序測定植物的光—光合響應曲線、CO2—光合響應曲線、溫度—光合響應曲線、濕度—光合響應曲線等各種響應曲線的測定，并且可以通過這些響應曲線計算出RuBP羧化效率、表觀量子產量、光補償點、飽和光強、CO2補償點、CO2飽和點、溫度補償點、RuBPzui大再生速率以及光合作用氣孔限制值等一些非常有用的生理生態參數。通過對測定條件的控制我們還可以研究能量的分配以及光呼吸。
目前被廣泛使用的光合儀一般都采取開放式氣路設計開放式氣路系統采用雙氣室紅外儀，使未經過同化室的氣體作為參比氣進入一個氣室，使從同化室出來的氣體作為樣本氣進入另一個氣室，由紅外監測器檢測出參比氣和樣本氣的CO2濃度差，根據其濃度差、同化室中葉片面積和氣體流量計算出光合速率。由于該方法快速、準確，又彌補了密閉式氣路系統的一些不足，所以應用越來越普及。
然而，光合儀由于受葉室類型的限制不方便測定藻類、苔蘚類以及小的浮游植物，懸浮細胞、蘋果果皮，幼芽等材料的光合速率。