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為了延長色譜泵的使用壽命和維持其輸液的穩定性，必須按照下列注意事項進行操作：
①防止任何固體微粒進入泵體，因為塵埃或其它任何雜質微粒都會磨損柱塞、密封環、缸體和單向閥，因此應預先除去流動相中的任何固體微粒。流動相在玻璃容器內蒸餾，而常用的方法是濾過，可采用Millipore 濾膜(0.2m 或0.45m) 等濾器。泵的入口都應連接砂濾棒(或片) 。輸液泵的濾器應經常清洗或更換。
②流動相不應含有任何腐蝕性物質，含有緩沖液的流動相不應保留在泵內，尤其是在停泵過夜或更長時間的情況下。如果將含緩沖液的流動相留在泵內，碳硫分析儀由于蒸發或泄漏，甚至只是由于溶液的靜置，就可能析出鹽的微細晶體，這些晶體將和上述固體微粒一樣損壞密封環和柱塞等。因此，必須泵入純水將泵充分清洗后，再換成適合于色譜柱保存和有利于泵維護的溶劑(對于反相鍵合硅膠固定相，可以是甲醇或甲醇-水) 。
③色譜泵工作時要留心防止溶劑瓶內的流動相被用完，否則空泵運轉也會磨損柱塞、缸體或密封環，zui終產生漏液。
④輸液泵的工作壓力決不要超過規定的zui高壓力，否則會使高壓密封環變形，產生漏液。
⑤流動相應該先脫氣，以免在泵內產生氣泡，碳硫分析儀影響流量的穩定性，如果有大量氣泡，泵就無法正常工作。
如果色譜泵產生故障，須查明原因，采取相應措施排除故障：
①沒有流動相流出，又無壓力指示。原因可能是泵內有大量氣體，這時可打開泄壓閥，使泵在較大流量(如5ml/min)下運轉，將氣泡排盡，也可用一個50ml 針筒在泵出口處幫助抽出氣體。另一個可能原因是密封環磨損，需更換。
②壓力和流量不穩。原因可能是氣泡，需要排除; 或者是單向閥內有異物，可卸下單向閥，浸入丙酮內超聲清洗。有時可能是砂濾棒內有氣泡，或被鹽的微細晶粒或滋生的微生物部分堵塞，這時，可卸下砂濾棒浸入流動相內超聲除氣泡，或將砂濾棒浸入稀酸(如4mol/L硝酸) 內迅速除去微生物，或將鹽溶解，再立即清洗。
③壓力過高的原因是管路被堵塞，需要清除和清洗。壓力降低的原因則可能是管路有泄漏。檢查堵塞或泄漏時應逐段進行。
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