前幾天，武漢病毒所石正麗老師和崔杰老師課題組在我國云南省菊頭蝙身上找到了SARS樣冠狀病毒的基因進化過程。今天《Nature Genetics》雜志也報道了猴免疫缺陷病毒（SIV）在非洲長尾黑顎猴（也稱非洲綠猴）身上的雜交進化史。

此前，科學家們發現證據，SIV亦可在人類和黑猩猩之間跨物種傳播，因此SIV很可能是人類感染艾滋病的zui初源頭。這種病毒之所以在人間泛濫的合理解釋是人類捕獵黑猩猩時被咬傷或傷口感染了黑猩猩血液所致。  現在人們想向猴子學習與這種病毒共存而不發病的分子機理。  非洲綠猴是HIV近親SIV的自然宿主，雖然它們經常遭受SIV感染，但SIV對它們并沒有害處，猴子們已經進化出與病毒共存和避免自身免疫系統退化的能力。文章報道分析了一組非洲綠猴基因與SIV的互動進程。

 利用來自非洲和加勒比海的163只非洲綠猴的全基因組測序數據，研究人員發現非洲綠猴各類群之間具高度多樣性，并且這種多樣性并非簡單的分支模式，而是發散型的網狀模式。遺傳分析表明，非洲綠猴*次與SIV相遇大約發生在100萬年前。隨著時間的推移，當年的原生宿主猴群分化成了許多不同的種群，每一種都獲得了與SIV共存的遺傳適應性。人類也許可以從這種宿主-病原體相互作用的生物學機制中學習如何與HIV共處。  

跨類群的多樣化掃描證實，強烈頻繁的多基因選擇信號影響病毒進化。此外，研究人員發現，選擇得分在那些人類同源的HIV互動基因和對SIV感染有反應的基因中都顯示明顯升高，但是獼猴的SIV感染相關基因在該項目的得分并不升高，提示部分病毒-宿主選擇信號可反應特定種群對SIV的適應性。  這篇文章的數據來自莫斯科物理技術學院基因組工程實驗室的Vasily Ramensky和其他國家的同事們創建的一個覆蓋了各個年齡（60種不同年齡）和各種組織（包括四個腦區）樣本的非洲綠猴公開基因表達圖譜。這些基因表達數據與行使具體功能的蛋白質的合成相關（該圖譜發表于同期《Nature Genetics》）  通過分析非洲綠猴多組織基因表達和全基因組的遺傳變異數據，研究人員生成了非人靈長類動物模型轉錄組資源和*eQTLs（表達數量性狀位點）目錄。比較人類數據資料與性別和年齡相關的表達模式，研究發現了一個可能參與免疫功能的主調節位點和一個調節海馬長非編碼RNAs（lncRNAs）的位點（其表達與海馬體積有關）。這些數量性狀遺傳研究數據將有助于包括神經精神障礙相關的腦和行為表型研究。  

“多虧了全基因組測序，我們積累了許多與人類具有親緣關系的其他物種的遺傳數據，”Ramensky說。“但是，我們仍然不了解其中很多基因所扮演的角色。因此我們創建了包含7種不同組織在6種不同發育階段的基因表達地圖。對遺傳統計學家來說，它將是我們理解基因在動物體內功能的一個有力工具。”  

聯想近年來世界矚目的埃博拉和寨卡病毒疫情，雖然還沒有找到確鑿的從動物向人類跨種傳播的宿主，但是可以推斷的是，隨著人類居住領土和食譜的不斷擴張，這些原本與動物相安無事生存了上百年的病毒都將一一蘇醒。