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識(shí)別基因組CpG島的新方法

來源:北京冬歌生物科技有限公司   2011年03月08日 08:52  

來自哈爾濱醫(yī)科大學(xué)生物信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院的研究人員在包括癌癥在內(nèi)的一些重大疾病的分子標(biāo)志物識(shí)別方面獲得了重要的成果,對(duì)人類疾病的早期發(fā)現(xiàn)和治療有著重要的臨床意義。這些成果已發(fā)表在學(xué)術(shù)期刊Nucleic  Acids  Research等10余個(gè)專業(yè)期刊。

 

領(lǐng)導(dǎo)這一研究的是哈爾濱醫(yī)科大學(xué)生物信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院院長(zhǎng)李霞教授,她作為生物信息學(xué)學(xué)科帶頭人,先后承擔(dān)科研課題28項(xiàng),其中國(guó)家863高科技計(jì)劃項(xiàng)目2項(xiàng)(主持1項(xiàng),副組長(zhǎng)1項(xiàng))、國(guó)家973前期項(xiàng)目1項(xiàng)(主持)、國(guó)家自然科學(xué)基金4項(xiàng)(主持3項(xiàng)),獲省部級(jí)獎(jiǎng)3項(xiàng),廳局級(jí)獎(jiǎng)8項(xiàng),在國(guó)內(nèi)外重要學(xué)術(shù)刊物和學(xué)術(shù)會(huì)議上發(fā)表學(xué)術(shù)論文110余篇(SCI  42篇、EI  18篇),累計(jì)SCI影響因子90.137,總引次數(shù)114,主編著作等8部。

重大疾病如癌癥、心臟病、高血壓、糖尿病等,其發(fā)生、發(fā)展是多基因、多通路、跨層面的遺傳與環(huán)境因素共同作用的結(jié)果。采取何種方法及時(shí)發(fā)現(xiàn)疾病產(chǎn)生后*的分子標(biāo)記,對(duì)于了解發(fā)病機(jī)理、進(jìn)行早期診斷,選取個(gè)性化治療方案有著重大意義,也是現(xiàn)代醫(yī)學(xué)轉(zhuǎn)變治療疾病思維重要理念的體現(xiàn)。李霞課題組在發(fā)現(xiàn)重大疾病的分子標(biāo)志研究上取得的突破,有助于解決復(fù)雜疾病研究中的特征基因識(shí)別難題。

人類發(fā)現(xiàn)的腫瘤標(biāo)志物已有百余種,但臨床常用的僅20多種,能用于大規(guī)模人群普查的腫瘤標(biāo)志物更少。臨床上腫瘤的高發(fā)生率和死亡率迫切需要新的早期診斷用的生物標(biāo)志物和新的腫瘤標(biāo)記物檢測(cè)技術(shù)。

另外近期來自阿拉巴馬大學(xué)伯明翰分校臨床蛋白質(zhì)組學(xué)主任James  Mobley希望能利用血清,血漿和尿液,尋找胰腺癌的液體,或者蛋白標(biāo)記物。但是一開始,他就陷入了“Catch-22”(美國(guó)諺語,從《第22條軍規(guī)》延伸而來,是指互相抵觸之規(guī)律或條件所造成的無法脫身的困窘)——為了能得到深入實(shí)驗(yàn)的經(jīng)費(fèi),他們需要首先獲得一份前導(dǎo)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。然而當(dāng)研究人員試圖識(shí)別胰腺癌蛋白標(biāo)記物的時(shí)候,擺在他們面前的是大量的不確定性,他們需要選擇是從哪一種體液和組織中分析蛋白標(biāo)記物,還需要從低通量,中通量,還是高通量平臺(tái)中選擇一種。

為了解決這些問題,研究人員首先開始查找文獻(xiàn),了解已經(jīng)出版的有關(guān)血液和尿液樣品實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù),他們發(fā)現(xiàn)大多數(shù)之前的研究都是利用小型的合并樣品,結(jié)合低通量實(shí)驗(yàn)平臺(tái),比如2D膠,來識(shí)別和檢測(cè)蛋白。

腫瘤標(biāo)記物首先是通過利用從腫瘤細(xì)胞中提取的單克隆抗體發(fā)現(xiàn)的。在獲得抗血清后,通過免疫吸附去掉正常細(xì)胞,留下腫瘤特異性的抗原,篩選并評(píng)估這些候選物成為了尋找新的腫瘤標(biāo)記物的經(jīng)典方法。但是篩選并評(píng)估候選物的方法費(fèi)時(shí)又耗力,而且當(dāng)實(shí)驗(yàn)室的經(jīng)費(fèi)又不足的時(shí)候,如何獲得進(jìn)一步的研究進(jìn)展,以及獲得更多的科研經(jīng)費(fèi),是許多實(shí)驗(yàn)室都頭疼的事情,上述的這一研究提供了一個(gè)很好的范例,指出了在這種情況下,研究人員應(yīng)該采取的實(shí)驗(yàn)策略,也就是說實(shí)際上,各實(shí)驗(yàn)室的研究人員在進(jìn)行實(shí)驗(yàn)的*步的時(shí)候,就要綜合考慮好各方面的因素,包括實(shí)驗(yàn)經(jīng)費(fèi),遇到的困難,以及如果不成功如何處理等。

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