水下清淤一般指將清淤機具裝備在船上，由清淤船作為施工平臺在水面上操作清淤設備將淤泥開挖，并通過管道輸送系統輸送到岸上堆場中。水下清淤施工方法可分為抓斗式清淤、泵吸式清淤、絞吸式清淤。
一、抓斗式清淤: 利用抓斗式挖泥船開挖河底淤泥，通過抓斗式挖泥船前臂抓斗伸入河底，利用油壓驅動抓斗插入底泥并閉斗抓取水下淤泥，之后提升回旋并開啟抓斗，將淤泥直接卸入靠泊在挖泥船舷旁的駁泥船中，開挖、回旋、卸泥循環作業。清出的淤泥通過駁泥船運輸至淤泥堆場，從駁泥船卸泥仍然需要使用岸邊抓斗，將駁船上的淤泥移至岸上的淤泥堆場中。
抓斗式清淤適用于開挖泥層厚度大、施工區域內障礙物多的中、小型河道，多用于擴大河道行洪斷面的清淤工程。抓斗式挖泥船靈活機動，不受河道內垃圾、石塊等障礙物影響，適合開挖較硬土方或夾帶較多雜質垃圾的土方; 且施工工藝簡單，設備容易組織，工程投資較省，施工過程不受天氣影響。但抓斗式挖泥船對極軟弱的底泥敏感度差，開挖中容易產生“掏挖河床下部較硬的地層土方，從而泄露大量表層底泥，尤其是浮泥”的情況; 容易造成表層浮泥經攪動后又重新回到水體之中。根據工程經驗，抓斗式清淤的淤泥清除率只能達到30% 左右，加上抓斗式清淤易產生浮泥遺漏、強烈擾動底泥，在以水質改善為目標的清淤工程中往往無法達到原有目的。
二、泵吸式清淤: 也稱為射吸式清淤，它將水力沖挖的水槍和泥漿泵同時裝在1個圓筒狀罩子里，由水槍射水將底泥攪成泥漿，通過另一側的泥漿泵將泥漿吸出，再經管道送至岸上的堆場，整套機具都裝備在船只上，一邊移動一遍清除。而另一種泵吸法是利用壓縮空氣為動力進行吸排淤泥的方法，將圓筒狀下端有開口泵筒在重力作用下沉入水底，陷入底泥后，在泵筒內施加負壓，軟泥在水的靜壓和泵筒的真空負壓下被吸入泵筒。然后通過壓縮空氣將筒內淤泥壓入排泥管，淤泥經過排泥閥、輸泥管而輸送至運泥船上或岸上的堆場中。
泵吸式清淤（清淤利器：新型立式泥漿泵）的裝備相對簡單，可以配備小中型的船只和設備，適合進入小型河道施工。一般情況下容易將大量河水吸出，造成后續泥漿處理工作量的增加。同時，我國河道內垃圾成分復雜、大小不一，容易造成吸泥口堵塞的情況發生。
三、絞吸式清淤: 普通絞吸式清淤主要由絞吸式挖泥船完成。絞吸式挖泥船由浮體、鉸絞刀、上吸管、下吸管泵、動力等組成。它利用裝在船前的橋梁前緣絞刀的旋轉運動，將河床底泥進行切割和攪動，并進行泥水混合，形成泥漿，通過船上泥漿泵產生的吸入真空，使泥漿沿著吸泥管進入泥泵吸入端，經全封閉管道輸送(排距超出挖泥船額定排距后，中途串接接力泵船加壓輸送) 至堆場中。