液相色譜儀的系統由儲液器、泵、進樣器、色譜柱、檢測器、記錄儀等幾部分組成。儲液器中的流動相被高壓泵打入系統，樣品溶液經進樣器進入流動相，被流動相載入色譜柱(固定相) 內， 由于樣品溶液中的各組分在兩相中具有不同的分配系數， 在兩相中做相對運動時， 經過反復多次的吸附- 解吸的分配過程， 各組分在移動速度上產生較大的差別， 被分離成單個組分依次從柱內流出， 通過檢測器時， 樣品濃度被轉換成電信號傳送到記錄儀，數據以圖譜形式打印出來。液相色譜儀在使用過程中通常會遇到下面幾個問題：

1. 色譜柱中的流動相會排干嗎？
不少做色譜分離試驗的人遇到過這樣的情形：不慎未及時補充流動相，泵將溶劑瓶中的流動相吸干了，HPLC系統由此而停止工作了。如此情況是否會損壞色譜柱？泵是否已將色譜柱中所有流動相都排干了？色譜柱還能使用嗎？事實上，如果泵將溶劑瓶中的流動相吸干，并不會造成色譜柱的損壞。即使泵中充滿了空氣，泵也不會將空氣排 入色譜柱。因為泵只能輸送液體，而不能輸送空氣。相比之下，另一個更可能發生的情況是忘記蓋上色譜柱兩端的密封蓋或蓋子太松而使色譜柱變干。同樣，整個色 譜柱干涸的情況不太容易發生，多半可能只是色譜柱兩端的幾個毫米變干了，因揮發掉所有溶劑是色譜柱變干需要相當長的時間。即使色譜柱真的變干了，也不一定 就不可救藥了。可以嘗試用一種*脫氣的、表面張力低的溶劑（如經氦氣脫氣的甲醇）沖洗色譜柱以除去氣體。較低的表面張力有助于浸潤填料表面；已脫氣的溶 劑應該能夠溶解并去除滯留在填料中的氣體。色譜柱大約需要（以1mL/min的流速）沖一個小時或更多的時間被*浸潤，恢復到正常狀態。

2. 使用PEEK（polyetheretherketone）管路和接頭需要注意什么問題？
如果經常需要改變流路或更換不同品牌的色譜柱，使用PEEK材料制成的管路和接頭會非常方便。PEEK管路容易連接；PEEK接頭不僅無需工具，手擰即可固定，而且容易調節錐箍之外的管路長度，方便與不同品牌或規格的色譜柱相連接。
使 用此類材料的管路需要注意的是：PEEK對鹵代烷烴和四氫呋喃的兼容性不好。雖然未觀察到上述溶劑溶解PEEK材料的明顯跡象，但PEEK遇到上述溶劑會 變脆。另一個西藥考慮的因素是壓力限。不銹鋼管可耐受6000psi的壓力，但PEEK管只能耐受近4000psi（但多數HPLC應用系統壓力不會超過 3000psi）。
使用PEEK接頭時則無需擔心接頭耐溶劑性能，因為接頭幾乎或很少與溶劑直接接觸。但手擰固定的PEEK接頭壓力限低于不銹鋼管，因而壓力太高時，可能會使接頭在管路上滑動而產生死體積或漏液。

3. 如何預防液相泵的故障:
要保持泵的良好操作性能,必須維護系統的清潔,保證溶劑和試劑的質量,對流動相進行過濾和脫氣.下面列出預防泵故障的幾項措施:
1).用高質量試劑和HPLC級溶劑；
2）、過濾流動相和溶劑；
3）、脫氣；
4）、每天開始使用時放空排氣，工作結束后從泵中洗去緩沖液；
5）、不讓水或腐蝕性溶劑滯留泵中；
6）、定期更換墊圈；
7）、需要時加潤滑油；
8）、查閱有關泵操作手冊中的其它建議。 
處于良好操作狀態的泵，應該能使色譜圖上的基線平穩；保留時間的重復性好。在等度洗脫時壓力波動小于2%。梯度洗脫時壓力變化應是緩慢和平穩的。 
為了使故障發生后盡快排除，平時應常備密封、單向閥（入口與出口）、泵頭裝置、各式接頭、保險絲等部件，以及更換工具。