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針式過濾器處理色譜樣品時，要避免其他雜質物在過濾過程中引入。這種雜質物的出現可能為：外殼材料或濾膜會脫落顆粒物而帶入到濾液中。因而濾膜和外殼結構的材料非常重要，不同類型的濾膜適用于不同性質的樣品。
親水樣品：選用親水膜片，對水有親和力，適合過濾水為基質的溶液。可用的濾膜有：混合纖維素酯(MCE)、聚醚砜(PES)、尼龍、親水PTFE、親水PVDF等。
強腐蝕性有機溶劑：一般采用惰性膜，如PTFE、PVDF、聚丙烯(PP)等材質的濾膜。
蛋白溶液：選擇低蛋白吸附的濾膜，如親水PVDF、PES濾膜。
離子色譜：通常認為PES濾膜比較適合低無機離子的溶液的過濾。
如果樣品里雜質太多，過濾阻力過大時就需要考慮用帶預過濾的針式過濾器，33mm的效果。
選擇針式過濾器時，除了考慮上述因素外，還要考慮樣品的體積，通常樣品量小于2ml時，選用4ml直徑的微型過濾器(我公司可提供定制)；樣品量在2--10ml之間，選用13㎜直徑的過濾器，當樣品量大于10ml時，選用25㎜直徑的過濾器，當樣品超過100ml時，選用33㎜直徑的針式過濾器。
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