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制備色譜并非分析色譜的簡單放大，兩者有許多不同：分析色譜需要全面地反映樣品組成的信息，而不必收集特定組分，洗脫液通常廢棄；而制備色譜主要的考慮因素是目標產物的純度、產量、生產周期、運行成本等。近幾十年來，制備色譜已成為當今分離和純化技術研究的重點和前沿技術。
制備色譜是指采用色譜技術制備純物質，即分離、收集一種或多種色譜純物質。制備色譜中的“制備”這一概念指獲得足夠量的單一化合物，以滿足研究和其它用途。制備色譜的出現，使色譜技術與經濟利益建立了。制備量大小和成本高低是制備色譜的兩個重要指標。其中，氣相制備色譜主要用于石油化工產品和揮發性天然產物的色譜純樣品制備。
制備色譜的目的，是以較低的成本從混合物中得到純凈物。制備色譜要爭取少用填料，少用溶劑，盡可能多的拿到產品。而分析色譜的目的，是對樣品進行定性或含量。因而，制備色譜的進樣里比較大，柱子的分離負荷的加大。而為了保證組分*分離，增加制備色譜的柱子直徑和柱子長度也就是必然。
制備色譜樣品的前處理：
因為色譜填料的價格相對來說，比較貴。由于不可逆吸附等原因，制備色譜柱子由于處理的樣品多，壽命較短。在工藝的安排上， 要盡量把色譜分離操作放到后面；在色譜柱之前，要加預柱以延長色譜填料的壽命。
制備色譜柱的材質
以前因為條件限制，用玻璃柱子做層析。玻璃除了易碎外，當壓力增大的時候，密封就是較大的問題。有機玻璃的柱子在密封和抗壓方面有優勢，但是有機玻璃應對有機溶劑時，穩定性不是很好。不銹鋼柱子具有良好的耐腐蝕、抗壓力性能，雖然價格稍微貴點，但越來越受歡迎。當然，玻璃和有機玻璃的有機玻璃柱子也能抗壓力耐腐蝕，相對不銹鋼柱子而言，它是半透明的，可以看到液體的運行狀態，對有色的物質其特點就更為突出，但現在多數的化學物質往往是無色的。
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