蠕動泵和注射泵區別在于兩者的進樣方式不同，注射泵是通過活塞運動象打針一樣吸取或者排出液體，一般比蠕動泵準確些，操作較簡便。蠕動泵是利用膠皮管的彈性吸取或者排除液體，存在軟管老化引起精度下降的問題。
注射泵的優點：
注射進樣精度比蠕動泵進樣高一個數量級，可實現自動配制標準曲線的功能，提高工作效率。
缺點：
１注射單元磨損較快，如果樣品量大的話，使用壽命較短。國產的注射單元質量比較差，進口的成本較高。
２注射進樣管路比較復雜，由此造成容易污染，記憶效果比較大，清洗較困難的缺點
３注射進樣系統如果吸空引入氣泡殘留在管中，一般比較難*排除，并且造成進樣的不準確，尤其是多位閥和存樣環的位置，特別容易存氣泡。
４試劑消耗量并不比斷續流動進樣少。注射泵的工作程序是先進行一個測量程序，然后跟著一個清洗程序，其實這個清洗程序消耗的試劑也是非常多的。可以自己設置清洗流程，如果擔心達不到清洗效果，就只能使用默認的清洗程序。

蠕動泵的優點：
結構簡單，維護方便，成本低。易耗件就是泵管，平時注意涂硅油的話，一般可使用２年左右時間。
缺點：
進樣準確不如注射進樣。因為蠕動泵進樣不穩定因素比較多，首先是蠕動泵電機受電壓不穩定影響，造成轉動不恒定，其次就是泵管的壓緊程度會造成進樣量的變化。