細胞質內含有多種細胞器。有些細胞器如線粒體、高爾基體、內質網、溶酶體等普遍存在于各種細胞中，而另有些細胞器如葉綠體，只存在于植物細胞中。細胞質內的這些結構，除葉綠體外，一般在光學顯微鏡下不易看見，必須經過一定的固定染色方法處理后，才能看到大多數細胞器，或直接用相差顯微鏡觀察。 

線粒體 
線粒體是一種動態的易變結構。經過處理在光學顯微鏡下呈現為顆粒狀、棒狀或彎曲細線。線粒體的形態和數量隨不同生物、不同組織及不同生理狀態而發生變化，例如肝細胞、胰細胞的線粒體通常呈線狀，成熟的卵細胞內線粒體呈顆粒狀，腎細胞內的線粒體呈棒狀。顯示線粒體的方法可以概括為以下幾種： 
1．生活細胞的觀察。如將組織培養細胞或其他生活細胞，放在相差顯微鏡下，就可以看到細胞質內有線狀小體活動，這就是線粒體。 
細胞和細胞內含物的觀察2．活細胞染色法。就是利用某些無毒或毒性較小的染料，顯示出細胞內某些特殊結構存在的真實性，而并不對細胞的活動有影響，如Janus green B（詹納斯綠B），就是一種毒性較小的堿性染料。將其配制成一定濃度，對活細胞進行染色，在細胞質內可以看到被染成藍綠色的線狀或顆粒小體，這就是線粒體。還可看到其在細胞質內的活動狀況。線粒體所以能顯示出藍綠色，是由于線粒體中具有細胞色素氧化酶系統，它是染料始終處于氧化狀態呈藍綠色，而在周圍的細胞質中的染料被還原呈無色。 
3． 固定染色法（即*制片法）。用特殊的固定液染色處理動物的組織或細胞后，可顯示出線粒體的形態。但所用材料必須新鮮，否則線粒體常因已經破壞而顯示不出，線粒體的組成成分主要是脂蛋白，脂類又以磷脂為主，用于線粒體的固定液含有餓酸，重鉻酸鉀等。因為兩者均能使脂類物質保存下來，故可顯示出線粒體的形態。用于顯示線粒體形態的固定、染色方法較多，常用的有Altmann染色法、Regand染色法及Chmpy-Kull染色法等，但欲顯示線粒體的細微結構，則要用電鏡技術。 
4．生化分離提取方法。在一定的低溫條件下，將組織細胞破碎制備成勻漿，用于線粒體組分及其在不同生理狀態的分離分析研究。 

高爾基體 
高爾基體顯示的方法，目前使用較多的是： 
1．固定染色法。1889年Golgi用鍍銀的方法顯示出這種細胞器，目前仍應用AgNO3或餓酸處理材料，將高爾基體顯示為棕黑色。這是由于AgNO3、餓酸在高爾基體的部位被還原之故，所以顯出高爾基體的形態及其在細胞內的分布。常用的方法有DaFano硝酸鈷-硝酸銀鍍銀法，Aoyama鍍銀法及Romony Cajal鍍銀法等，而欲顯示其細胞結構，就得使用電鏡技術。 
2．活體染色法。將中性紅配制成一定的濃度，對細胞進行活體染色，以顯示高爾基體。但此種顯示高爾基體的方法，仍不如詹納斯綠顯示線粒體的方法更為廣泛。因為中性紅只能染高爾基體的液泡部分，因此有一定的局限性。