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賽默飛精彩亮相第十屆烏普薩拉會議

閱讀:901      發布時間:2013-2-26
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 ---ETD技術發明人做技術報告

         2013年2月17日,第十屆烏普薩拉電子捕獲與電子轉移裂解會議(UPPCON 2013)在北京友誼賓館召開,由北京生命科學研究所(NIBS)和中科院計算技術研究所合作承辦。UPPCON 2013是一個偏重質譜基礎研究的會議,圍繞離子-離子和離子-電子的氣相反應的理論、實驗、儀器開發和應用,數位zui的資深的學者介紹他們的研究工作。

  賽默飛科技ETD技術發明人John E.P. Saka博士的報告題目是《Instrumental Approaches to Improving ETD Spectral Quality》,介紹了ETD技術的zui近進展。ETD是基于離子/離子氣相化學一種碎裂多肽的新方法,是鑒定蛋白及其翻譯后修飾強有力的工具。ETD通過從陰離子自由基到質子肽轉移電子的化學能量將肽碎裂,引發多肽骨干分裂,獲得蛋白質翻譯后修飾的重要序列信息。

  傳統的誘導活化裂解(CAD)常用來鑒定蛋白,并試圖確定和找到它們修飾的位點,但CAD技術有其固有的缺點。與線性離子阱的結合使用的ETD,可以很容易鑒定用CAD不能鑒定的多肽。
ETD 是由電子捕獲解離ECD 發展而來,但ECD 僅能在的FT ICR 高分辨質譜上使用,而ETD 的誕生,可以較為經濟的在低分辨離子阱質譜上實現同樣的功能。報告討論了在質譜上提高ETD產生離子的數量的方法。分別從兩個方面,一是zui大化進入ETD的離子數量,一是zui大化ETD產生的m/z離子的數量。

        賽默飛Demo實驗室張偉博士做了題為《Method Development of Typical ETD Experiments for Proteomics Applications》的報告。
張博士認為,ETD的發展非常迅速,能獲得更豐富的系列碎片。在蛋白質組學等領域,ETD與CID是很好的互補,30%蛋白質組學的用戶都在使用這個技術。

  ETD產生離子的反應機理
       ETD產生離子的反應機理很簡單,當電子轟擊氮氣的時候,會產生一個熱電子,熱電子很容易被捕獲,肽段發生斷裂反應。相對于傳統的CAD技術, ETD提供了更穩定的方法來定性PTMs,鑒定大型多肽或甚至整個蛋白質。ETD能夠將普通翻譯后修飾的多肽,或者多個堿性殘基的多肽甚至整個蛋白質生成離子。 ETD也可以輕易碎裂含有二硫鍵的的多肽。

  ETD達到*狀態的途徑
  ETD實驗達到的狀態,主要通過四個部分的調節,一是對ETD源的調諧和優化,二是建立合適的Tune文件,三是建立分析方法,zui后是數據處理、搜庫軟件。
ETD應用的例子
CID+ETD、CID-NL-ETD、DDDT的磷酸化蛋白質組的分析。從老鼠睪丸體中取出全蛋白,通過胰蛋白酶分解后,用IMAC富集,然后數據處理就用PD Workflow。通過一系列的數據處理之后就得到所有譜圖的鑒定結果。CID+ETD、CID-NL-ETD、DDDT三種策略也是很好的互補。

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