薄層色譜掃描儀是對薄層色譜進行定量檢測分析的儀器，目前市場上有兩類薄層色譜掃描儀：
傳統薄層色譜掃描儀是一種全波長掃描儀，提供波長200-800nm范圍的可選波長，通過檢測樣品對光的吸收強弱確定物質含量。該掃描儀也能檢測254nm或365nm紫外照射產生的熒光強度，從而進行特異性檢測。
傳統掃描儀的掃描方式分為：單光束掃描薄層色譜掃描儀、雙光束掃描薄層色譜掃描儀和雙波長掃描薄層色譜掃描儀。
單光束掃描：采用單一光束（即單一波長掃描），其結果就是上圖中一特定波長條件下的單條曲線。儀器結構簡單，但是基線不穩，實際中很少使用。
雙光束掃描：采用同一波長的兩個光束同步掃描，一個光束掃描樣品展開通道，另一個光束掃描樣品通道旁邊的空白區域，這樣就可扣除空白吸收，部分消除薄層板展開方向鋪板不均勻產生的誤差。但是無法消除垂至于展開方向鋪板不均勻產生的誤差。
雙波長掃描：兩個不同波長的光束交替掃描樣品展開的通道區域，波長選擇時，一個波長為樣品zui大吸收位置，另一是吸收極小值位置。如上圖所示，如檢測目標為3（則zui大吸收峰為290nm，極小值可選200nm、260nm或325nm）。這種方法可基本消除鋪板不均產生的誤差，因此掃描基線很穩定。
以上各種掃描方式中，根據光源大小（掃描精度）不同可分為直線掃描薄層色譜掃描儀和鋸齒掃描薄層色譜掃描儀。
直線掃描：用可以覆蓋樣品展開通道的寬光束一次性掃完整個展開通道，即在展開方向上（圖中橫坐標），每個點的數據只是一個掃描數據點。
鋸齒掃描：采用點狀光源，光點尺寸小于通道寬度，因此在展開方向移動到任何一點時，光源都要逐點沿樣品通道方向掃描，即形成“之”形（或鋸齒形掃描）。這樣，在展開方向上每一點的數據都是多個點掃描結果的累加值。鋸齒掃描的精度相對直線掃描明顯提高。
目前，在定量分析中，薄層掃描多采用雙波長鋸齒掃描
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