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UK biobank – 大的隊(duì)列樣本庫的前處理與存儲(chǔ)策略

閱讀:195      發(fā)布時(shí)間:2024-11-20
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UK Biobank是目前世界上大的人類遺傳隊(duì)列樣本庫,它收集了50萬名來自英國40-69歲志愿者提供的共1500萬份樣本,旨在研究遺傳因素、環(huán)境因素、生活習(xí)慣等與人類重大疾病的關(guān)聯(lián)。

UK Biobank 為了保障樣本庫在建成后可以順利投入運(yùn)行,在建設(shè)之前即做了大量的調(diào)研工作,制定了非常明確的前處理和存儲(chǔ)策略,并將相關(guān)成果發(fā)表在International Journal of Epidemiology上(The UK Biobank sample handling and storage protocol for the collection, processing and archiving of human blood and urine)。

小編認(rèn)為,雖然其策略于血液和尿液樣本,但其決策流程蘊(yùn)含著非常清晰的邏輯,值得各類新建樣本庫借鑒。

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1. 哪些種類的樣本可以支持我的研究目的?

如之前提及,UK Biobank其研究目的是尋找遺傳因素、環(huán)境因素、生活習(xí)慣與重大疾病的關(guān)聯(lián)。而一般健康的志愿者可以提供的樣本種類包括了:血液、尿液、糞便、指甲、頭發(fā)、唾液等。哪些樣本可以提供有關(guān)遺傳與環(huán)境因素的面信息?哪些樣本最易收集且存儲(chǔ)經(jīng)濟(jì)? UK Biobank進(jìn)行了全面的考量(見下圖),最終決定只存儲(chǔ)血液和尿液;部分備選的樣本種類被排除,如糞便難以收集,只能提供腸道菌群等較少信息且存儲(chǔ)成本高昂。

 

2. 樣本以何種形式存儲(chǔ)可以滿足下游應(yīng)用?

同一大類的樣本仍存在不同的存儲(chǔ)形式,如血液可以血清、血漿、白細(xì)胞層、紅細(xì)胞、DMSO全血等細(xì)分形式進(jìn)行存儲(chǔ),各個(gè)細(xì)分形式的下游應(yīng)用不同。另外,不同的應(yīng)用對(duì)樣本數(shù)量的需求也不同。UK Biobank同樣也對(duì)此進(jìn)行了分析決策(見下圖)。

3. 選擇合適的前處理和存儲(chǔ)策略

由于存儲(chǔ)目標(biāo)已非常明確,我們只需尋找相應(yīng)的前處理和存儲(chǔ)方法來達(dá)到此目標(biāo)即可。需要注意的是,不同的前處理方法及試劑的使用會(huì)對(duì)下游的應(yīng)用造成很大的影響,如使用作為抗凝劑的血液樣本,可能會(huì)更適合作為代謝物檢測的樣本源,而并不適合作為DNA純化及PCR的樣本源。另外,不同的運(yùn)輸和存儲(chǔ)溫度均可能對(duì)下游應(yīng)用產(chǎn)生影響,如用于復(fù)蘇細(xì)胞的全血樣本更適合在18度進(jìn)行短期運(yùn)輸而非4度,且應(yīng)全部在-140度以下進(jìn)行長期保存;又如,行血液學(xué)檢測的全血樣本應(yīng)在采集后立即使用,而不應(yīng)在凍存后的再行檢測。小編在這里借鑒了UK biobank的策略及其它的相關(guān)參考文件,整理出下表,供各位老師參考:

UK Biobank 的主要冷凍保藏設(shè)備及耗材均由賽默飛提供,包括Thermo Scientific™ Forma™ 超低溫冰箱、液氮儲(chǔ)存箱、液氮罐、程控降溫儀、二維凍存管以及Nautilus LIMS系統(tǒng)。 

同時(shí)賽默飛世爾科技自建有第三方樣本保存庫,為樣本庫行業(yè)持續(xù)服務(wù)三十年,并獲樣本庫行業(yè)實(shí)踐獎(jiǎng)。

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