PCR板本身材質在當今主要以聚丙烯（PP）為主，能更好適應PCR反應過程中反復高低溫設定，并且能夠實現(xiàn)高溫高壓滅菌操作。為配合排槍、PCR儀等實現(xiàn)高通量操作，較常使用的為96孔或384孔的PCR板。板型符合SBS國際標準，且為適應不同廠家的PCR儀，根據裙邊設計又可分為無裙邊、半裙邊、升裙邊和全裙邊四種設計模式。
由于存在雜質，會出現(xiàn)不正確的陽性或陰性結果，提供一套干凈的設備，包括移液器和架子，專門用于PCR。在移液器、架子和長凳上使用漂白劑、乙醇來擦去污染物。為所有PCR反應分配預留空間，以進一步減少顆粒污染。在每一步都使用干凈的手套并經常更換。
要避免PCR板與產品過載。盡管希望同時運行多個產品，但它會導致PCR板的交叉污染。用不同的產品使PCR板超載會浪費，并且很難確定樣品。
在使用PCR板時，確認熔解曲線的分析具有重要意義，因為它是選擇正確退火溫度的良好指標。引物設計軟件輔助設計，提供正確的退火溫度，直接減少PCR板中的錯誤。
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