實驗室超純水器通常由原水預處理系統、反滲透純化系統、超純化后處理系統三部分組成。預處理的目的主要是使原水達到反滲透膜分離組件的進水要求，保證反滲透純化系統的穩定運行。 運行
當設備運行到一段時間之后，會出現設備發熱的情況，這種情況屬于正常的，但當設備運行一段時間后，需要讓設備暫時休息一會。
再次，使用超純水機的工作時間每天維持在八小時，十小時也是可以的，不過運行時間每天8小時為佳。然后，在使用一段時間后，用戶要對設備進行清洗，使受到污染的設備恢復原有的性能。而在恢復設備性能的同時，還要盡量保證清洗的安全，不傷害到超純水機。
定期清洗
對于超純水器的日常運行中，超純水機需要定期反洗，反洗時進行壓縮空氣氣體摩擦，反洗合格后靜置10分鐘左右再正洗。正洗出水合格后方可投入使用，不要將空氣帶入反滲透，此外，還要定期檢查、及時更換精密過濾器濾，防止濾芯因安裝或質量問題發生泄露所引起的反滲透膜的顆粒污染。
一般情況下是每月檢查一次，2～3個月更換一次濾芯。運行時還應經常檢查精密過濾器內是否有氣體，不能讓空氣帶入反滲透膜。對備用或長期停運的精密過濾器，要采取保護的方法防止細菌大量繁殖。
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