親和層析填料是根據生物分子間親和力具有專一性而設計的層析技術，是生物大分子的生物學特異性，這種專一性的親和力體現在，如激素和受體、抗原和抗體、酶蛋白和輔酶、酶和酶抑制劑（或配體）等。以抗原和抗體為例，在一定條件下，抗原抗體能緊密地結合在一起形成復合物。若將復合物的一方固定在不溶性載體上，則可從溶液中專一地分離和提純另一方。與其他純化方法相比，親和層析的純化作用強，效果好，最重要的是，純化速度快，有時僅一步即可達到純化的目的。
親和層析填料具有三大優點：
1.純化步驟少、純化純度高。親和層析填料是一種極為有效的分離蛋白質的方法，通常情況下，一步法即可達到純化的目的，更為關鍵的是，純化的純度高。
2.對不穩定蛋白純化更有利。親和層析填料能有效的進行物質純化，對生物分子吸附和分離具有選擇性，純化倍數高。同時，在純化過程中，蛋白得到濃縮，結合到親和配基后，性質更穩定，活性回收率更高、純化步驟更少、純化時間更短、對不穩定蛋白的純化更有利。
3.分離效果優良（較大容量載體同樣）。除特異性的吸附外，仍然會因分子的錯誤認別和分子間非選擇性的作用力而吸附一些雜蛋白質，另外在洗脫過程中，配體不可避免的脫落進入分離體系。親和層析填料正確地選擇合適的配體和結合方式，對獲得具有優良分離效果和較大容量的載體同樣具有重要作用。能與分離物質牢固、特異和可逆結合的物質都可以作為配體。選擇配體有兩個條件：第一是生物大分子與配體間具有合適的親和力，親和力太強，洗脫條件劇烈，易造成生物大分子失活，親和力太小，解離容易，結合率不高。第二是配體要具有雙重功能，既有可牢固與載體結合的基團，結合后又不影響生物大分子與配體間的親和力。
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