微生物鑒定及藥敏測試系統依據表型特征的表達來區分不同微生物間的差異，是經典的微生物分類鑒定法，以微生物細胞的形態和習性表型為主要指標，通過比較微生物的菌落形態、理化特征和特征化學成分與典型微生物的差異進行鑒別。
微生物鑒定及藥敏測試系統的基本程序包括分離純化和鑒定，鑒定時一般先將待檢菌進行初步的分類。鑒定的方法有表型微生物鑒定和基因型微生物鑒定，根據所需要達到的鑒定水平選擇鑒定方法。目前實驗室室進行表型微生物鑒定后可以用API試劑條進行或其他等效的試劑條進行菌種鑒定，如API試劑條鑒定不能滿足要求時采取委外鑒定。
微生物檢驗過程中檢出的微生物應該進行微生物鑒定，雖然藥典里明確了鑒定到什么水平的標準和一些基礎內容操作方法。但是因為實驗室能力有限，很多實驗室要么稀里糊涂的要么委外。其實我們一般微生物實驗室自己還是可以做一些工作，特別是細菌的鑒定。再就是菌種鑒定時，不是直接拿來就鑒定，需要一些預先做一些處理或判斷。
微生物鑒定先要待檢培養物的分離純化，常用的分離純化方法是挑去待檢菌的純培養物（單個菌落），必要時可進一步進行純培養，為表型鑒定和隨后的鑒定程序提供足夠量的菌體。
從藥物原材料、制藥用水、生產環境、中間產品和產品的樣品中檢出的受損微生物，經分離純化程序使其由不利生存易產生變化的狀態變為在營養富集和適合的培養溫度條件下生存的穩定狀態，以保證鑒定結果的準確性
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