液相色譜-質譜聯用(LC-MS)與液相-串聯質譜(LC-MS-MS)都是實驗室精密的檢測儀器，二者非常相似，但也有很大的區別，今天將這兩個進行對比，分析兩者的區別與聯系。
LC-MS可以通過采集質譜得到總離子色譜圖。由于電噴霧是一種軟電離源,通常很少或沒有碎片,譜圖中只有準分子離子，因而只能提供未知化合物的分子量信息，不能提供結構信息。很難用來做定性分析，可以用來定量分析。但單級MS如果不用軟電離源，而是EI之類的話，就有碎片峰，可以提供分子結構信息。
LC-MS/MS采用串聯質譜，既能得到分子離子峰，又有碎片離子峰，因而可以用來進行定性和定量分析。
一個基本相似之處是：他們的應用領域都適用于液相適用的領域。
質譜的突出特點是：它本身是有質量信息的，是可以靠這個質量信息定性或提供定性的一些依據的(還需要其它的一些定性儀器)。其次，質譜本身也有一個分離作用，就是按照質量的分離，如果液相分離了一次，那LC-MS就分離了兩次，而LC-MS/MS就分離了三次，LC-MS3就分離了四次....(3級以上是離子阱質譜的特點)。
LC-MS和LC-MS/MS(或MSn)的區別是：
如果你關心的結果是你樣品中的主成分，而且是你已經知道的目標物，比如質控、有機合成后看一下純品、部分的農藥全分析工作、藥物合成中前導化合物的指導(合成一鍋就打一針看看合成得對不對)等等，都可以用LC-MS。因為它很便宜，操作也很簡單。即使有些東西液相沒分開，但只要你關心的是主成分，影響都不大。通過調整一下液相條件，或做完掃描圖直接看提取離子圖，或做SIM都可以。這些領域用LC-MS/MS是大材小用，花這么多錢是浪費。
而如果你關心的結果是：
(1)未知的東西，打一針LC-MS無法定性，需要更多的碎片信息;
(2)是混合物中的痕量成分。
那須用LC-MS/MS：LC-MS/MS可以給出需要更多的碎片信息，幫助你來定性;LC-MS/MS可以降低背景噪音，讓痕量組分的譜圖不受豐量物質的干擾;LC-MS/MS可以降低很多背景噪音，使你的化合物的靈敏度大幅提高，定量結果變好。
做定量分析選LC-MS還是LC-MS/MS？
質譜定量分析，使用的一般是LC-MS/MS,不使用LC-MS, 看一下質荷比，推測下分子量。LC-MS中UV可以用來定量，但是在有紫外吸收的干擾峰的時候，定量是不準的。LC-MS/MS使用母離子/子離子來進行定量，相對來說，干擾要少的多，也比較準確，在PK/TK的應用很廣泛。
質譜定量中已經被廣泛接受的方式是MS/MS定量。這種定量常通過三級四極桿或離子阱質譜實現。
要求使用MS/MS的原因是：許多化合物有同樣的質量。當使用第①個維度即單級質譜MS去定量時，也會缺乏特異性，尤其是對于像血液那樣的復雜的基質。第二個維度的MS(即MS/MS)在大多數情況下，能夠提供唯①的斷裂。合并特異的母離子質量和唯①的碎片離子信息，可以選擇性地監測被定量的化合物。
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