浮游菌采樣器宜采用撞擊法機理的采樣器，一般采用狹縫式采樣器或離心式采樣器。
采用的浮游菌采樣器必須要有流量計和定時器。
狹縫式采樣器的原理：
狹縫式采樣器由附加的真空抽氣泵抽氣，通過采樣器的縫隙式平板，將采集的空氣噴射并撞擊到緩慢旋轉的平板培養基表面上，附著的活微生物粒子經培養后形成菌落，予以計數。
離心式采樣器的原理：
離心式采樣器由于內部風機的高速旋轉，氣流從采樣器前部吸入從后部流出，在離心力的作用下，空氣中的活微生物粒子有足夠的時間撞擊到專用的固形培養條上，經培養后形成菌落，予以計數。
狹縫式采樣器的使用要點
應嚴格按儀器說明書的要求進行操作。
浮游菌采樣的一般步驟是首先在測試前對采樣儀器能與樣氣接觸的表面以及培養皿表面進行嚴格消毒，其次消毒完成后在不放入培養皿的前提下進行時間不小于5min的消毒劑蒸發過程，第三步設計采樣流量和時間，采樣口置于采樣點進行采樣。沉降菌采樣的一般步驟則比較簡單，在采樣過程中只用到培養皿。其一般過程包括一、測試前培養皿表面的嚴格消毒；二、將培養皿按照采樣布點放置，而下一步便是暴露采樣，其中規定了靜態測試時暴露時間大于30min，動態測試時暴露時間不大于4h。采樣完畢后，兩者的操作步驟相同，均在培養箱中恒溫培養一定時間，然后進行菌落計數。
而測試規則中規定了測試條件、測試狀態、測試時間以及采樣布點等的具體要求。測試條件要求在測試前應對潔凈室（區）進行預先測試，以便提供測試懸浮粒子的環境條件，其中規定了在無特殊要求時，環境的溫度在18-26℃，相對濕度在45-65%為宜。
采樣前的準備工作：
1、被測試手術室(潔凈室)溫、濕度須達到規定的要求；靜壓差、換氣次數、空氣流速必須控制在規定值內。
2、對單向流測試應在凈化空調系統正常運行不少于10min；非單向流不少于30min后開始。
3、靜態測試時，室內人員不多于2人。采樣時測試人員應在采樣口下風側。
4、測試人員應按無菌操作規程進行。采取一切措施防止采樣口的污染和其它人為對樣本的污染。
5、測試人員必須穿戴符合潔凈級別的潔凈服。
6、浮游菌測試前，被測手術室(潔凈室)已經過消毒。
操作方法：
1、將采樣器放置在工作臺面上，用采樣口直接采樣。如測量位置較高可使用采樣管，把管子延伸到所要采樣的空間。
2、打開電源通電，根據選擇的周期按設置鍵。設置鍵可設置1~10、20、30~90分鐘分18檔調節，即每按1次設置鍵，增加10分鐘。
3、將盛有培養基的培養皿置于轉盤上，放上外罩，壓緊壓塊使之外罩與底座密封。
4、調節刻度盤，旋轉調節鈕，使狹縫與培養基保持在2mm距離。
5、按啟動鍵，本機待機15秒后，泵開始抽氣，轉盤開始360°旋轉，調節流量旋鈕，使流量計浮子上端與50L刻度線相平。采樣完成，擰下外罩，迅速把平皿上蓋蓋上并取出，并按上述方法放入新的平皿進行第二次采樣（若使用采樣管，則換上預先消毒過的第二根采樣管）。
6、取出的平皿放置30~35℃培養箱培養，2天后計數。
7、使用完畢后，填寫《檢驗儀器設備使用記錄》。
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