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按CO2培養箱的加熱系統來分，CO2培養箱可分為水套式二氧化碳培養箱和氣套式二氧化碳培養箱。兩種加熱系統均可靠，但是它們有著各自的優點和缺點。水套式和氣套式二氧化碳培養箱可根據箱體有無入水口和排水口來區別，例如，圖1為水套式二氧化碳培養箱，圖2為氣套式二氧化碳培養箱。
水套式二氧化碳培養箱的溫度是通過一個獨立的水套層包圍內部的箱體來維持溫度恒定的，通過電熱絲給水套內的水加熱，再通過箱內溫度傳感器來檢測溫度變化，使箱內的溫度恒定在設置溫度。由于水的比熱容很高，水套式的優點是有助于均勻散熱和避免形成冷區，以及在斷電后能夠比較好地減緩培養箱內溫度的降低。水套式因四周環水，所以溫度均勻性很好。 [3] 
氣套式二氧化碳培養箱的加熱是通過遍布箱體氣套層內的加熱器直接對內箱體進行加熱的，又叫六面直接加熱，采用隔熱系統和表面散熱元件使培養箱內溫度均衡。氣套式與水套式相比，具有加熱快，溫度的恢復比水套式培養箱迅速的特點，有利于短期培養以及需要箱門頻繁開關的培養。箱內溫度一般設定在37℃左右。此外，氣套式設計比水套式更簡單化，無需加水、清空和清洗。

 1、接通電源，開啟電源開關。
2、把CO2氣體減壓閥出氣壓力調到0.06MPA，大不能超過0.1MPA。
3、溫度、CO2濃度設定：按“MODE"選“SET"是設定所需要控制的CO2濃度和溫度的值，選“CAL"是校準（如“TEMCAL"是溫度校準，“CO2CAL"是CO2零點校準），二者有本質區別，不能混肴；溫度上升到所有溫度的時間大約要12小時。
4、培養箱在使用時，增濕盤內不能缺水（需要蒸餾水或超濾水）。
5、培養箱在使用時，開門時間要盡量短，關門時先將玻璃門關好。