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深圳市安培生物科技有限公司
中級(jí)會(huì)員 | 第5年

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臨床M2巨噬細(xì)胞相關(guān)基因輔助治療胰腺導(dǎo)管腺癌

時(shí)間:2021/11/2閱讀:1375
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胰腺導(dǎo)管腺癌(PDAC)是全球七大癌癥相關(guān)死亡原因,也是最常見(jiàn)的人類(lèi)惡性腫瘤之一。根據(jù)2018年全球癌癥統(tǒng)計(jì),大約有45.9萬(wàn)名新確診患者和近43.2萬(wàn)人死亡患者。由于早期準(zhǔn)確診斷和腫瘤快速進(jìn)展等困難,大量PDAC(胰腺導(dǎo)管腺癌)病例在診斷時(shí)出現(xiàn)臨床晚期或遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移。因此,開(kāi)發(fā)新的、可靠的預(yù)后評(píng)估和療效預(yù)測(cè)指標(biāo)以進(jìn)一步推進(jìn)針對(duì)性治療具有十分重要的意義。

越來(lái)越多的證據(jù)支持浸潤(rùn)M2巨噬細(xì)胞在胰腺導(dǎo)管腺癌(PDAC)的腫瘤進(jìn)展中起關(guān)鍵作用。然而,對(duì)M2巨噬細(xì)胞浸潤(rùn)和中樞基因(FAM53B)在臨床結(jié)局和免疫治療中的生物學(xué)作用缺乏全面的分析。近期有一個(gè)研究團(tuán)隊(duì)針對(duì)M2巨噬細(xì)胞相關(guān)基因表達(dá)進(jìn)行研究,以期望能探索出評(píng)估PDAC預(yù)后及療效的新指標(biāo)。


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研究人員合并了兩個(gè)PDAC樣本數(shù)據(jù)集,GSE16515和TCGA-PAAD,以研究M2巨噬細(xì)胞分析的潛在作用。使用CIBERSORT算法獲得M2巨噬細(xì)胞圖譜,然后通過(guò)WGCNA發(fā)現(xiàn)與M2巨噬細(xì)胞相關(guān)較為顯著的模塊。然后,利用多cox回歸模型進(jìn)一步確定模塊中的候選基因,最終確定5個(gè)關(guān)鍵基因。然后,建立了多基因風(fēng)險(xiǎn)模型和綜合預(yù)后圖。在后續(xù)分析和外部試驗(yàn)組(ICGC-PACA-CA)中驗(yàn)證其預(yù)后價(jià)值。隨后,研究潛在的信號(hào)通路和治療預(yù)測(cè)的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分。最后,進(jìn)一步探討FAM53B在預(yù)后預(yù)測(cè)、免疫浸潤(rùn)和免疫治療中的生物學(xué)功能,為PDAC的臨床治療策略提供可靠的見(jiàn)解。

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22個(gè)候選基因的LASSO系數(shù)譜

為了進(jìn)一步研究候選基因的預(yù)后價(jià)值,研究人員從TCGA-PAAD項(xiàng)目中提取了表達(dá)數(shù)據(jù)和隨訪信息。在單因素Cox分析的幫助下,鑒定了22個(gè)M2巨噬細(xì)胞相關(guān)基因,具有顯著的預(yù)后價(jià)值。并對(duì)這些hub基因進(jìn)行了Lasso回歸,識(shí)別出PDAC中與預(yù)后相關(guān)的9個(gè)M2巨噬細(xì)胞相關(guān)基因。進(jìn)行多因素COX回歸分析,確定5個(gè)M2巨噬細(xì)胞相關(guān)基因(FAM53B、SPINK2、ABCB4、GH1、INTU)為中心基因,所有這些基因均被認(rèn)為是有益的預(yù)后指標(biāo)(所有HRs <1,表S6)。使用HPA數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)探索PDAC樣品中的蛋白表達(dá)水平。結(jié)果顯示,相對(duì)于正常樣本,腫瘤組織中的蛋白(ABCB4、FAM53B和INTU)明顯失調(diào)。此外,在低表達(dá)和高表達(dá)基因亞組之間,生存分析顯示,大多數(shù)hub基因mRNA表達(dá)異常導(dǎo)致總體生存時(shí)間顯著不同。


圖片
采用ROC分析評(píng)估預(yù)后特征的預(yù)測(cè)價(jià)值

綜上所述,建立基于M2巨噬細(xì)胞的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分,可作為預(yù)測(cè)PDAC臨床結(jié)局的穩(wěn)健的預(yù)測(cè)性生物標(biāo)志物和預(yù)后指標(biāo),為PDAC的治療管理提供指導(dǎo)。


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