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相對定量常用于測定兩個不同樣品中靶基因量的差異，例如使用實時RT-PCR法定量檢測mRNA水平的實驗。
進行相對定量實驗分析兩個不同樣品的實驗數據時，需要對數據進行歸一化處理，設置其中一個樣品的靶基因表達量為“1"。這個樣品稱為校準品，常使用表達恒定的內參基因。
通常，校準品歸一化后，待測樣品靶基因表達量以比“1"增加或降低n倍來表示，來顯示表達量的差異。
值得注意的是，實驗必須從等量原料中取得校準品和待測樣品的靶基因，否則比較無意義。
與絕對定量相比，相對定量實驗優點在于內參基因的使用，能規避實驗操作產生的差異，而且不需要制作標準曲線。
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