凝膠成像系統可以對凝膠進行定量和定性分析。檢測樣品的原理如下：
樣品在電泳凝膠或者其他載體上的遷移率不一樣，以標準品或者其他的替代標準品相比較就會對未知樣品作一個定性分析。這個就是圖像分析系統定性的基礎。根據未知樣品在圖譜中的位置可以對其作定性分析，就可以確定它的成份和性質。樣品對投射或者反射光有部分的吸收，從而照相所得到的圖像上面的樣品條帶的光密度就會有差異。光密度于樣品的濃度或者質量成線性關系。根據未知樣品的光密度，通過于已知濃度的樣品條帶的光密度指相比較就可以得到未知樣品的濃度或者質量。
凝膠成像系統使用時應注意這幾個方面：
1、請勿將潮濕樣品長期放在暗箱內，以防腐蝕濾光片，更不要將液體濺到暗箱底板上，以免燒壞主板。
2、使用后將平臺擦干凈，以防有水損壞CCD;切膠時在平臺上墊上保鮮膜，以防劃損平臺。
3、儀器使用完后請及時關閉電源，
4、只有在進行化學發光實驗時才需要提前打開冷CCD預熱30min再使用，其他操作無需預熱。
5、請勿使用控制成像儀的電腦上網，也不要自行重裝電腦操作系統或給操作系統升級。
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