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顯微鏡細胞化學是利用特異的化學或生化反應在顯微鏡下對細胞的化學成份進行定性與定位分析的方法.顯微鏡細胞化學是在光鏡細胞化學基礎上發展起來的。所不同的是，偏光顯微鏡細胞化學反應的結果必須在所研究的化學成份的部位引起顯微子密度的改變，這是由顯微鏡的成像原理所決定的。顯微鏡價格根據造成細胞中顯微子密度變化的原因、可將顯微鏡細胞化學方法分為三類:

1.反應產物是不溶解的并且是高顯微子密度的。數碼顯微鏡在固定劑中加入草酸鈉，能將細胞內的鈣離子變為草酸鈣沉5.2顯微鏡細胞化學樣品制備的一般過程顯微鏡細胞化學樣品制備包括以下主要步驟:(1)醛類固定;2)厚切片制備;(3)顯微鏡孵育;(4)餓酸后固定;(5)常規脫水、包埋、切片

顯微鏡孵育一步中孵育液的成份及孵育的條件隨所研究的酶而有所不同，將在后面結合具體方法討論。這里僅就(1), (2)兩步作一點簡要說明。為兼顧結構和酶活性的保存，顯微鏡細胞化學中多使用甲醛(由多聚甲醛制備)和戊二醛的混合固定劑，其具體濃度因所研究的酶而異，需要注意的是，市售戊二醛中含有雜質，用于顯微鏡細胞化學固定時應當純化。純化方法有真空燕餾，活性碳過濾，離子交換，Sephadex G-10分離等。也可使用市場上出售的專用于顯微鏡細胞化學的純化戊二醛，這種戊二醛裝于安瓶內，處于無氧條件下。樣品于固定之后應制備成厚度約405m的切片，再進入孵育液，而不宜用組織塊。這是因為組織塊較大，孵育液成份不易浸透至其中心。而且各種孵育液成份擴散速度不同，由此可能導至組織中心部位的人工假象(反應產物的擴散和假陽性)。制備厚切片可使用振動切片機或微切片機(Microslicer )。下面介紹幾種酶的顯微鏡細胞化學方法。淀下來，并在顯微鏡下顯示為高顯微子密度。

2.顯微鏡反應產物是不溶解的，經過顯微鏡樣品制備中的常規鍬酸固定可變為高顯微子密度的.例如DAB可被細胞色素氧化酶所氧化而形成沉淀，并可被俄化，用于顯示酶所在部位。

3。反應產物本身是可溶性的，需要在孵育液內加入俘獲劑而使其沉淀并賦于其高顯微子密度，多數顯示酶的顯微鏡細胞化學方法屬于此類。