1、sanger法：雙脫氧測(cè)序的原理，DNA合成時(shí)加上一個(gè)ddNTP從而終止這條鏈的延伸，毛細(xì)管電泳讀取分析序列。一般教材講的都是這種方法，經(jīng)典，讀長(zhǎng)800bp，但是通量小成本高。
 

　　2、高通量測(cè)序方法：454也稱焦磷酸測(cè)序，一個(gè)run下來(lái)約400M的數(shù)據(jù)量。將emulsionPCR產(chǎn)物連磁珠上，放入Pico Titer Plate，測(cè)序反應(yīng)是通過釋放PPi經(jīng)過ATP硫酸化酶和熒光素酶作用發(fā)光，CCD捕捉拍照，反應(yīng)是連續(xù)的，所以遇到連續(xù)的堿基如polyA時(shí)，454易產(chǎn)生誤差。
 

　　3、Solexa：邊合成邊測(cè)序，將DNA單鏈固定在芯片上，合成DNA簇，是一種可逆阻斷的合成反應(yīng)，每個(gè)循環(huán)只加上一個(gè)堿基、系統(tǒng)拍照一次。通過讀取拍照信號(hào)分析序列，一個(gè)run約200個(gè)G數(shù)據(jù)量以上。目前能量最高，不足是讀長(zhǎng)短，現(xiàn)在有PE150，可以測(cè)通300bp。
 

　　4、Ion torrent：特點(diǎn)是小巧。試劑通過集成的流體通路進(jìn)入芯片中，密布于芯片上的反應(yīng)孔立即成為上百萬(wàn)個(gè)微反應(yīng)體系。這種流體體系、微體系機(jī)械設(shè)計(jì)和半導(dǎo)體的技術(shù)組合，使研究人員能夠在2小時(shí)內(nèi)獲取從10Mb到1Gb以上的高精確度序列。*新一種，還沒廣泛應(yīng)用。