自動進樣器有時出現的故障往往會使人頭疼。要弄清楚故障發生的原因，有效地解決它的故障，首先要從日常維護和保養著手。
1.及時清洗色譜系統
平時分析好樣品，清洗好色譜柱后，用一根PEEK管連接在原先接色譜柱位置，用脫氣的純水以1.5mL/min流速清洗1.5小時，后用甲醇用同樣條件清洗。自動進樣器清洗液換上甲醇，打開排液閥，用針筒抽吸越50mL，再關閉排液閥，purge，rinse各三次，結束后按shift，9，關閉自動進樣器。
純水清洗色譜系統能清除管路中殘存的緩沖鹽，甲醇清洗，防止系統滋生細菌和微生物堵塞管路，也可以洗去不溶于水的物質。
2. 定期更換Septum cutout
定期更換Septum cutout，即Rinse口帽中的橡皮墊，分析樣品設置自動進樣中有洗針的程序，所以一段時間后橡皮墊很容易臟。及時更換避免墊上臟物污染針頭。
3.定期更換進樣隔墊
定期更換進樣隔墊。用固定扳手把進樣口帽卸下，把里面的進樣口襯筒sleeve取出，取下舊的進樣墊，把新的原樣裝入，并原樣裝在進樣口，用手把螺母擰緊，用扳手再擰約15°。
4.定期涂抹潤滑油
用吸水紙插干凈控制進樣針的升降軸上的油污和垃圾，用少量潤滑油涂于升降軸上，涂好之后用吸水紙吸去多余的潤滑油。測試幾個樣品，聽升降軸工作時聲音清脆和聲音有規律為佳。
5.純甲醇清洗長期不用機器
長期不用機器可以用純甲醇代替清洗液，針筒抽吸約100mL清洗液，后purge 和rinse幾次。
注：Rinse口螺帽和進樣口襯筒及進樣口螺帽若有鹽析或附臟物，先用純水，后異丙醇或甲醇放超聲波超洗10分鐘。洗去臟物后晾干裝上。
6.及時更換計量泵密封墊圈
及時更換計量泵密封墊圈：更換這個位置的密封墊圈時要注意，與泵不同的是，使用者先要進入儀器的診斷維護界面，把計量泵內的柱塞桿收回去再拆卸計量泵，否則拆下來的時候柱塞桿處于受壓縮的位置，安裝的時候就麻煩了。計量泵的使用頻率非常的低，幾乎可以低到忽略不計，但是這個密封墊圈一樣會有磨損，使用三五年的儀器有時會發現這個位置漏液，但是這種問題發生的頻率非常低。
7.通閥維護
進樣速度要快。注射器進樣時必須采用平頭針。使用部分裝液法進樣時，進樣量多為定量管體積的75%，如果25µL的定量管多進樣15µL，并且要求每次進樣體積準確、相同；一般情況下不要輕易拆卸閥體，如果孔已經阻塞或需要更換磨損部件是才能才開閥。樣品溶液均要用0.45µm的過濾器過濾，防止微粒阻塞進樣閥和減少對進樣閥的磨損。經常清洗進樣閥，氣相色譜儀長時間不使用或環境溫度較高時，導致閥內殘存的淋洗液中的溶液揮發，鹽濃度增加形成結晶析出。
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