蛋白標簽技術是指利用基因克隆手段，將具有特定功能的多肽，蛋白質結構域，甚至完整蛋白質與目標蛋白融合在一起，以實現目標蛋白的表達純化，檢測和示蹤等應用的技術。
常用的蛋白標簽有哪些？
HIS標簽
His標簽是當前最為熱門的標簽蛋白之一。His6是指六個組氨酸殘基組成的融合標簽，可插入在目的蛋白的C末端或N末端。當某一個標簽的使用，一是能構成表位利于純化和檢測；二是構成*的結構特征(結合配體)利于純化。組氨酸殘基側鏈與固態的鎳有強烈的吸引力，可用于固定化金屬螯合層析(IMAC)，對重組蛋白進行分離純化。
Flag-tag
Flag標簽蛋白為編碼8個氨基酸的親水性多肽(DYKDDDDK)，同時載體中構建的Kozak序列使得帶有FLAG的融合蛋白在真核表達系統中表達效率更高。
AviTag
是一個15個氨基酸的短肽，具有一個單生物素化賴氨酸位點，與已知天然可生物素化序列*不同，可以加在目標蛋白的N端和C端。融合表達后，可被生物素連接酶生物素化，為了純化重組蛋白選用低親和性的單體抗生物素蛋白或抗生物素蛋白衍生物，除了用于蛋白質分離純化，還用于蛋白質相互作用研究。
SNAP-Tag
SNAP-Tag是從人的O6-甲基鳥嘌呤-DNA甲基轉移(O6-alkylguanine-DNA-alkyltransferase)獲得。SNAP所帶的活性巰基位點接受了苯甲基鳥嘌呤所攜帶的側鏈苯甲基基團，釋放出了鳥嘌呤。這種新的硫醚鍵共價結合使SNAP所帶的目的蛋白攜帶上了苯甲基基團所帶的標記物。
檢測：生物素或各種顏色熒光的底物(如熒光素、若丹明)可滲透進入細胞，方便快捷地進行活細胞內SNAP-Tag融合蛋白的標記與檢測。它們也可特異性地標記大腸桿菌，酵母和哺乳動物等細胞抽提液或已經純化的蛋白液中的SNAP-tag融合蛋白。
GST(谷胱甘肽巰基轉移酶)
GST標簽蛋白本身是一個在解毒過程中起到重要作用的轉移酶，它的天然大小為26KD。GST融合表達系統廣泛應用于各種融合蛋白的表達，可以在大腸桿菌和酵母菌等宿主細胞中表達。結合的融合蛋白在非變性條件下用10mM還原型谷胱甘肽洗脫。GST標簽可用酶學分析或免疫分析很方便的檢測。標簽有助于保護重組蛋白免受胞外蛋白酶的降解并提高其穩定性。
GFP
GFP(綠色螢光蛋白)是由下村修等人在水母中發現的。它在藍色波長范圍的光線激發下，會發出綠色螢光。GFP標簽可位于蛋白質的C端或N端，該系統已廣泛應用于各種細胞類型，包括細菌、酵母和哺乳動物細胞等，相應的GFP標簽抗體也被廣泛應用。GFP在檢測蛋白表達、蛋白和細胞熒光示蹤、研究蛋白質之間相互作用和構象變化中，起到了重要的作用。
常規化的c-Myc
C-Myc標簽蛋白，是一個含11個氨基酸的小標簽，它作為抗原表位表達在不同的蛋白質框架中可識別其相應抗體。C-Myc tag已成功應用在Western-blot雜交技術、免疫沉淀和流式細胞計量術中，可用于檢測重組蛋白質在靶細胞中的表達。
熒光素酶(luciferase):
來源于生物體內的熒光素，常見的有螢火蟲熒光素酶、海腎熒光素酶和Guassia熒光素酶。這些熒光素酶作為“報告蛋白”被用于分子生物學研究中，這種技術被稱為報告基因檢測法或螢光素酶檢測法(Luciferase Assay)。跟普通融合蛋白標簽不同，使用熒光素酶構建的報告基因可用作目的基因的定量分析。因此常用于研究啟動子、miRNA 3'UTR克隆的功能與調控，因為它們對目的基因的調控可以是漸變的，而不是簡單的開和關兩種狀態。
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