高壓滅菌器作為滅菌的常用技術之一，建議不要對許多材料進行高壓滅菌，包括酸、堿和有機溶劑。非不銹鋼、氯、海水、硫酸鹽和漂白劑是其他高度不相容的材料，因此供料很危險。
高壓滅菌器中的“循環”體現一個是重力或快速排氣，其中腔室在特定時間段內承受高壓和高溫。在這段時間結束時，閥門被打開，腔室迅速回到大氣壓。此方法用于清潔干貨或玻璃器皿；第二個循環稱為液體或緩慢排氣。該循環防止滅菌液體沸騰。蒸汽在循環結束時緩慢排出，逐漸冷卻過熱的液體。顧名思義，該循環主要用于液體，但也可以用于某些其他材料。
高壓滅菌器試驗時待滅菌的物品放置不宜過緊。須將冷空氣充分排除，否則鍋內溫度達不到規定溫度，影響滅菌效果。當滅菌完畢后，不可放氣減壓，否則瓶內液體會劇烈沸騰，沖掉瓶塞而外溢甚至導致容器爆裂。須待滅菌器內壓力降至與大氣壓相等后才可開蓋。裝培養基的試管或瓶子的棉塞上，應包油紙或牛皮紙，以防冷凝水入內。
為保證滅菌效果，應定期檢查滅菌效果，常用方法是將硫磺粉末(熔點為115℃)或安息香酸(熔點為120℃)置于試管內，然后進行滅菌試驗。如上述物質熔化，則說明高壓滅菌器內的溫度已達要求，滅菌的效果是可靠的。也可將檢測滅菌器效果的膠紙(其上有溫度敏感指示劑)貼于待滅菌的物品外包裝上，如膠紙上指示劑變色，亦說明滅菌效果是可靠的。
現在已有微電腦自控型蒸汽高壓滅菌器，只需放去冷氣后，儀器即可自動恒壓定時，時間一到則自動切斷電源并鳴笛，使用起來很方便。
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