核酸熒光染料對細胞核進行染色，定量測定細胞的熒光強度，從而可以測定細胞核中DNA和RNA的含量，分析細胞周期和細胞增殖情況。有多種熒光染料可以對細胞中的 DNA 或 RNA 進行染色。常用的DNA染料有碘化丙啶（PI）、DAPI、Hoechst 33342等，RNA染料有噻唑橙、吖啶橙等。
熒光染料PI（碘化丙啶）是一種可以對DNA進行染色的核染色試劑。它常用于細胞凋亡檢測。英文全稱是Propidium Iodide。它是一種溴化乙錠類似物，嵌入雙鏈 DNA 后會發出紅色熒光。雖然 PI 不能穿過活細胞膜，但它可以穿過受損的細胞膜并對細胞核進行染色。 PI 通常與 Calcein-AM 或 FDA 等熒光探針一起使用，以同時對活細胞和死細胞進行染色。 PI-DNA復合物的激發波長和發射波長分別為535 nm和615 nm。
溴化乙錠是一種高度敏感的嵌入熒光染料，是一種強致癌誘變劑，但價格便宜。它與 DNA 的結合幾乎沒有堿基序列特異性。在高離子強度的飽和溶液中，每 2.5 個堿基插入大約 1 個溴化乙錠分子。 EB 的這一特性使其成為常用于瓊脂糖凝膠電泳中核酸染色的核酸染料。溴化乙錠在紫外區的302nm和366nm處有吸收峰。在紫外光照射下，溴化乙錠可激發出橙紅色熒光（590nm）。與 DNA 結合的溴化乙錠復合物發出的熒光比不結合 DNA 的染料強 20-30 倍，因此溴化乙錠可以檢測小至 10 ng 的 DNA 帶，并且非常靈敏。
Biotium公司研發推出的EB替代染料，具有與EB相似的染色效果，且在紫外光照射下不易淬滅，因此可用于膠水回收。但價格較貴。
GelRed和GelGreen是兩種優秀的熒光核酸凝膠染色試劑，兼具高靈敏度、低毒性和超穩定性。其水溶性染料已通過美國EPA安全認證，廢物可直接倒入下水道，不會造成任何環境污染。
其特點是：
1）靈敏度高：GelRed和GelGreen是市場上靈敏度最高的凝膠核酸染料之一；
2）穩定性佳：可微波爐加熱，可常溫保存；
3）更安全：艾姆斯測試結果表明該染料的致突變性遠小于溴化乙錠（EB）；
4）適應性廣：適用于預制膠和膠后電泳染色；
5）染色過程簡單：與EB一樣，無需擔心預制膠和電泳過程中染料降解；電泳后染色過程僅需30分鐘，無需脫色或水洗；
6) 對DNA和RNA遷移影響?。簩怂徇w移影響比SYBR Green I?小；
7）與標準凝膠成像系統和可見光激發的凝膠觀察裝置兼容：使用312nm激發的UV凝膠成像系統時，GelRed可以替代EB； GelGreen 足以替代凝膠觀察裝置中的任一 SYB 染料。然而，這種染料會使小 DNA 片段遷移得更慢（與 EB 相比）。
Goldview對于大的DNA片段有很好的染色效果，但是對于500bp以下的片段則不太好。另一個致命的弱點是它的熒光團在紫外光下很容易猝滅，通常需要5-10分鐘。會消失。 Goldview 也不適合膠水回收。 Goldview實際上是AO（吖啶橙，劇毒產品），其熒光效果遠不如EB，靈敏度差，底色嚴重，不適合回收，不穩定，在紫外光下誘導突變的能力較差高。
穩定性差，毒性大。屬于花青素核酸染料。花青素染料并非無毒，只是低毒。電泳等級已修改。改性有以下三種： 1.添加鹵素或氰基。 2.插入環狀羥基。 3、添加穩定劑。 SYBR Green I 是一種高靈敏度 DNA 熒光染料，適用于各種電泳分析，操作簡單：無需脫色或洗滌。至少可以檢測到20pg DNA，比EB染色高25-100倍。當SYBR Green I與雙鏈DNA結合時，熒光信號將增強800-1000倍。 SYBR Green I 染色的凝膠樣品熒光信號強，背景信號低。 SYBR Green 和 SYBR Gold 的穩定性遠不如 EB。SYBR系列染料還可進入細胞對細胞核中的線粒體和DNA進行染色，造成傷害。 SYBR Green I已被證明在紫外線照射下具有很強的誘變能力，使DNA或其他物質發生突變。 （您也可能對。。。有興趣熒光染料示例和應用）
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