EMSA（電泳遷移率變動測定）用于研究蛋白質：DNA 復合物和相互作用。蛋白質：DNA 復合物在非變性凝膠上比未結合的線性 DNA 遷移得更慢，從而導致“移位"。
EMSA 也稱為“凝膠位移"或“凝膠阻滯"測定，可用于分析蛋白質對核酸的序列特異性識別。
圖 1. EMSA/凝膠位移測定圖。當添加摩爾過量的未標記競爭DNA時，遷移率變化會大大降低。熒光標記的 IRDye 700 寡核苷酸探針用于檢測。 IRDye 700 寡核苷酸在兩條鏈上均進行末端標記。
近紅外熒光 EMSA 為放射性 EMSA 技術提供了安全、靈敏的替代方案。
您可以輕松地將傳統的放射性 EMSA 協議應用于無害的近紅外熒光 EMSA 檢測。使用 IRDye ®末端標記的寡核苷酸并使用 Odyssey ® CLx 紅外成像儀或 Odyssey 經典紅外成像儀進行成像。使用近紅外熒光，您可以在不到 2 小時內進行測定并獲得結果，而使用其他方法則需要幾個小時或過夜。
使用近紅外熒光技術的 EMSA 用于研究：
轉錄調控
DNA復制
DNA修復
RNA加工
圖 2.EMSA/凝膠位移測定。 IRDye 700 EMSA 使用共有寡核苷酸針對 3 個不同的轉錄因子靶點進行測試。箭頭表示移動性轉變的位置。
您可以檢測濕凝膠中的蛋白質：DNA 復合物，無需凝膠干燥或膠片曝光。如果需要，您可以在 Odyssey 掃描儀表面上對盒中的凝膠進行成像，以評估凝膠是否運行了足夠長的時間，如果沒有，請將其放回腔室中以進一步進行電泳。
即用型標記寡核苷酸 可用于各種常見的共有序列。其他 IRDye 末端標記寡核苷酸和定制寡核苷酸可通過Integrated DNA Technologies (IDT)、TriLink BioTechnologies或Metabion International AG 獲得。
圖 3. 使用 IRDye 700 AP-1 寡核苷酸雙鏈體的 AP-1 EMSA。用血清處理的 HeLa 細胞的核提取物用于觀察血清刺激后 AP-1 結合增加的情況。競爭反應含有 100 倍摩爾過量的未標記寡聚雙鏈體。箭頭表示熒光寡核苷酸的遷移率變化。星號表示由于過量未標記的競爭對手 DNA 引起的遷移率變化的減少。使用 Odyssey Classic 紅外成像儀對濕凝膠進行成像。
比較 EMSA 檢測方法，了解如何使用紅外檢測提高安全性并節省時間。
| IRDye ®紅外熒光染料 | 放射性同位素 | 生物素/鏈霉親和素（例如 Thermo Scientific LightShift） |
|---|---|---|
| 總時間： 1.5小時 | 總時間： 4.5 – 24 小時 | 總時間： 4.5 – 5 小時 |
| 輕松獲取和處置 | 監管限制、處置麻煩和成本 | 聯系制造商了解詳情 |
| 熒光寡核苷酸具有更長的穩定性 | 標記寡核苷酸的半衰期短 | 化學發光信號不穩定 |
| 無危險 | 危險的 | 聯系制造商了解詳情 |
| 濕凝膠成像，無需移除凝膠板 | 需要凝膠干燥和膠片/熒光屏曝光 | 需要進行膜轉移 |
| 快速、方便、直接檢測 | 耗時、檢測不方便 | 間接檢測方法。需要封閉、鏈霉親和素孵育和洗滌 |
| 如果需要，可以更換凝膠并延長運行時間 | 凝膠運行時間無法延長 | 凝膠運行時間無法延長 |
| 不到 2 小時即可得出結果 | 通常要到第二天才能獲得結果 | 檢測步驟使協議增加了幾個小時 |
*如果需要，請重復步驟 3 并再次成像。
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