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微生物污染在食品衛生環節中一直以來都是一件令人頗為頭大的問題。因為在絕大多數的食品安全事件中，食品污染都是主要誘因。而這種微生物的污染基會導致急性的食源性疾病，有可能會引發一些慢性疾病，因此不容忽視。

除了食品自身的變質腐爛等原因造成食品微生物污染。還有一種情況就是外源污染。比如說從業人員不衛生的雙手、器皿工具、設備以及不合規定的工藝等等都會造成食品微生物污染。這些污染包括微生物、寄生蟲和昆蟲的污染以及有毒生物的組織污染，危害性強卻難以被人察覺。所以需要用到相關檢測儀器設備予以輔助，使用農藥殘留速測儀檢測的話是可以清晰的查看食品中微生物與其他生物殘余的含量，做準確的衛生狀況判斷，從而建立更安全的食品市場。