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熒光定量PCR是通過熒光染料或熒光標記的特異性的探針，對PCR產物進行標記跟蹤，實時在線監控反應過程，結合相應的軟件可以對產物進行分析，計算待測樣品模板的初始濃度。

熒光定量PCR原理概述

PCR擴增時在加入一對引物的同時加入一個特異性的熒光探針，該探針為一寡核苷酸，兩端分別標記一個報告熒光基團和一個淬滅熒光基團。探針完整時，報告基團發射的熒光信號被淬滅基團吸收；剛開始時, 探針結合在DNA任意一條單鏈上;PCR擴增時，Taq酶的5’端－3’端外切酶活性將探針酶切降解，使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離，從而熒光監測系統可接收到熒光信號，即每擴增一條DNA鏈，就有一個熒光分子形成，實現了熒光信號的累積與PCR產物形成*同步。或者使用熒光染料SYBR。SYBR可以結合到雙鏈DNA上面，當體系中的模板被擴增時，SYBR可以有效結合到新合成的雙鏈上面，隨著PCR的進行，結合的SYBR染料越來越多，被儀器檢測到的熒光信號越來越強，從而達到定量的目的。