氣相色譜柱的分離效果主要取決于其固定相，柱長度，柱內徑，液膜厚度這幾個因素，從原理上講，這幾個因素相同的柱子，其分離效果是*一樣的。
1)柱長度的選擇
分辨率與柱長的平方根成正比。在其他條件不變的情況下,為取得加倍的分辨率需有4倍的柱長。較短的柱子適于較簡單的樣品,尤其是由那些在結構、極性和揮發性上相差較大的組分組成的樣品。
一般來說：
15m的短柱用于快速分離較簡單的樣品，也適于掃描分析；
30m的色譜柱是zui常用的柱長，大多數分析在此長度的柱子上完成；
50m、60m或更長的色譜柱用于分離比較復雜的樣品。
應該注意，柱長增加分析時間也增加。
2)柱內徑的選擇
柱徑直接影響柱子的效率、保留特性和樣品容量。小口徑柱比大口徑柱有更高柱效，但柱容量更小。
0.25mm：具有較高的柱效，柱容量較低。分離復雜樣品較好。
0.32mm：柱效稍低于0.25mm的色譜柱，但柱容量約高60%。
0.53mm：具有類似于填充柱的柱容量，可用于分流進樣，也可用于不分流進樣，當柱容量是主要考慮因素時（如痕量分析），選擇大口徑毛細管柱較為合適。
3)液膜厚度的選擇
液膜厚度影響柱子的保留特性和柱容量。厚度增加，保留也增加。
0.1～0.2m ：薄液膜厚度的毛細管柱比厚液膜的毛細管柱洗脫組分快，所需柱溫度低，且高溫下柱流失較小，適用高沸點的化合物的分析。
0.25～0.5m ：常用的液膜厚度。
厚液膜：對分析低沸點的化合物較為有利。
4)固定相的選擇
不同的固定相對不同的分析物的影響不同，根據相似相溶原理，性質越相近，固定相對其的流動阻力越大，其保留時間越長．色譜柱就是通過這個原理將不同性質的混合物相互分開的。
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