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重組蛋白純化要利用不同蛋白間內在的相似性與差異，利用各種蛋白間的相似性來除去非蛋白物質的污染，而利用各蛋白質的差異將目的蛋白從其他蛋白中純化出來。每種蛋白間的大小、形狀、電荷、疏水性、溶解度和生物學活性都會有差異，利用這些差異可將蛋白從混合物如大腸桿菌裂解物中提取出來得到重組蛋白。
重組蛋白純化常用的幾個方法如下：
1.親和純化色譜：
根據蛋白與色譜基質上偶聯的特異性配體間的可逆性相互作用分離蛋白。該技術對目的蛋白具有高選擇性、高分辨率和高容量。純化回收率通常較高。
2.離子交換色譜：
不同蛋白質的等電點特性，使在不同pH緩沖液條件下所帶正/負凈電荷不同，選擇不同的離子交換柱實現分離。
離子交換層析屬于吸附性分離方式，純化過程中它具有可逆、操控性強及實現樣品濃縮等特點。在精純實驗中是常與其它方法相結合使用的主要技術。
3.分子排阻色譜：
又稱為凝膠過濾色譜。根據分子大小差異對通過樹脂的分子進行分離。其目的可以是分離其中一種分子或者分析樣品的分子量分布。SEC可提高抗體樣品的純度和均一性。與離子交換或親和色譜不同，該方法中分子不與色譜介質結合。
4.疏水作用色譜：
HIC根據抗體表面疏水性的差異，利用這些蛋白與介質疏水性表面之間可逆性的相互作用對其進行分離。對色譜柱施加鹽濃度從高到低的反梯度。較高的鹽濃度可增強樣品中疏水組分與色譜介質間的作用。分離過程中，樣品得到純化并以較小的體積洗脫出來，從而實現濃縮，隨后可直接進行凝膠過濾或者離子交換分離（經過緩沖液交換后）。HIC在純化方案中可用于收集、中間體純化或精制步驟。
