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三重四極桿質譜儀對高質荷比多肽離子進行常規分析
閱讀：942 發布時間：2021-4-20前言：使用液相色譜/三重四極桿質譜儀對蛋白質進行常規的高通量定量分析時，我 們將多肽作為相應蛋白質的替代物。選擇*的多肽以及適合每種目標多肽的 MRM 離子對是分析成功的關鍵步驟。考慮到儀器質量數范圍限制，分析時通常 不會選擇具有高 m/z 母離子或子離子的多肽。但是，若要解決生物學問題，此 類多肽也許能提供關鍵信息，甚至可能是唯yi的分析選擇。此類例子包括具有 大型疏水性跨膜結構域的膜蛋白、帶有多種翻譯后修飾結構的蛋白質，以及內 源性多肽等等。 本應用簡報將介紹 Agilent 6495B 三重四極桿質譜儀分析具有高 m/z 子離子的多 肽的性能，并展示將分析的質量數范圍擴展至 m/z 3000 帶來的優勢。將胰蛋白 酶消解的單克隆抗體 (mAb) 標準品和 HeLa 細胞膜富集提取物分別作為簡單樣品 和復雜樣品進行分析。
實驗方法 蛋白質/多肽選擇 使用 Agilent 6550 Q-TOF 質譜儀，在數 據依賴型模式下采集抗 IL8 mAb 消解 物和 HeLa 細胞膜富集蛋白質消解物 的 LC/MS 數據。使用 Agilent Spectrum Mill（B.05.00.181 SP1 版）比對適用的 數據庫檢索原始數據，鑒定出產生高 m/z 子離子的多肽，以此測試 Agilent 6495B 三重四極桿質譜儀的性能。
LC/MS/MS 系統 將 Agilent 1290 Infinity UHPLC系統連 接至質量數范圍達 3000 u 的 6495B 三 重四極桿質譜儀。LC/MS 實驗采用 安捷倫噴射流 (AJS) 離子源和 Agilent Poroshell 120 EC-C18, 2.1 × 100 mm 2.7 µm 色譜柱（部件號 695775-902）進行。 使用 3.5 分鐘的 MRM 方法分析 mAb 消 解物，HeLa 細胞膜消解物則使用 21 分 鐘的 MRM 方法分析。
制備 mAb 消解物的稀釋系列，并將每 個進樣濃度的信號響應相對于 mAb 消 解物的總柱上進樣量作圖，據此進行 糖肽定量分析。 此外，通過將每種子離子的信號響應 相對于對應的柱上進樣量作圖，執行 HeLa 細胞膜多肽的定量分析。
結果與討論：多肽鑒定和選擇 采用抗 IL8 mAb 消解物和 HeLa 細胞膜 消解物開發多肽鑒定和 MRM 方法， 所得結果如下： 選擇來自 mAb 消解物的一種 G1F N-糖 肽和來自 HeLa 細胞膜消解物的三種 多肽（子離子質量數范圍為 m/z 204.1 至 m/z 2429.3）進行 LC/MS/MS 測試 （表 2）。
圖 1 和 圖 2 顯示了其中兩種多肽的 MS/MS 譜圖和優化的 MRM 色譜圖。 MS/MS 圖中用 * 標記出了為 MRM 方 法選擇的子離子。 糖肽會產生具有大型多糖鏈的高 m/z 子離子，這些子離子能夠為多糖的結 構解析提供豐富信息。
在復雜樣品中，具有較高 m/z 的子離子 往往背景噪音更低或者信噪比更高。