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生命科學研究離不開各式各樣的模式生物，模式生物由于其結構簡單、生活周期短、培養簡單、基因組小等特點，在生物醫學等領域發揮重要作用。模式生物作為材料不僅能回答生命科學研究中基本的生物學問題，對人類一些疾病的治療也有借鑒意義。常見的模式生物有真菌中的酵母，低等無脊椎動物中的線蟲，昆蟲綱的果蠅，魚綱的斑馬魚，哺乳綱的小鼠以及植物中的擬南芥。
高內涵系統不僅僅適用于各種各樣的細胞模型，對各種小型的模式生物也非常友好，通過將這些模式生物做一些預處理，放在微孔板中，我們就可以用高內涵系統來拍攝和分析它們。
一、酵母
常用于模式生物的酵母有兩個物種：出芽酵母和裂殖酵母，以出芽酵母為例，其細胞為球形或者卵形，直徑5–10μm。其繁殖的方法為出芽生殖。使用高內涵系統，可以觀察和分析酵母的世代周期、蛋白定位等。
二、斑馬魚也是成熟且常見的模式生物，常用于疾病研究中。斑馬魚成魚體長5cm左右，幼魚0.5-2cm，全身透明。一般首先對斑馬魚進行麻醉，再進行高內涵拍攝。
斑馬魚血管研究，斑馬魚全身透明，一直以來都是非常好的心血管研究模式生物，通過20倍水浸式物鏡（NA1.0）對斑馬魚血管進行成像，高內涵分析軟件可通過一系列算法識別熒光標記的斑馬魚血管結構，也可對血管結構做3D重構，分析血管長度、熒光強度等參數。
