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蛋白質定性分析通常是指利用質譜法進行蛋白質鑒定和序列分析。蛋白質定性分析分為top-down分析和bottom-up分析兩種策略。目前，bottom-up分析策略被更廣泛的應用于蛋白質定性分析工作。
Bottom-Up（自底向上）和Top-Down（自頂向下）兩種策略“自底向上”策略是指通過分析由蛋白質酶解生成的肽段來鑒定蛋白質。當應用該策略來分析蛋白質組混合物時，因其類似于基因組測序的，所以又被稱為白質組學（Shot-gunProteomics)。“自頂向下”策略直接鑒定完整蛋白質，在翻譯后修飾和蛋白質同素異構體鑒定方面有一些潛在的優勢。可是該策略的缺陷是蛋白質在氣相中分離、電離及碎裂都十分困難。而蛋白質組學由于將蛋白質酶解成肽段，使其在氣相中更容易被分離、電離和碎裂。
2.蛋白質定量分析：確定樣品中總蛋白含量，或者某種單一蛋白成分的含量。
一、蛋白質相對定量分析
相對定量的目的是測定目的蛋白在兩個或多個樣本中的表達量的相對比例，而不需要知道它們在每個樣本中的表達量。例如，如果研究項目中包括處理過的和未經處理的對照樣本，通常可以將未經處理的樣本做為對照組，經處理的樣本的定量結果除以對照樣品的定量結果，就可以計算各個處理樣本的蛋白含量相對于對照組樣品的百分比。
二、蛋白質定量分析
目前基于質譜的定量蛋白質組學研究主要是指靶向蛋白質組學。靶向蛋白質組學分析，是指對目標蛋白質（或修飾肽段）進行定性和/或定量分析，或者用于驗證大規模蛋白質組學的結果。基于質譜的靶向蛋白質組學分析方法，由于沒有物種限制并具備多目標同時分析能力等優勢，受到越來越多的關注和應用。其技術方法經歷了從傳統的SRM/MRM（選擇性/多反應監視，selected/multiplereactionmonitoring）到PRM（平行反應監視，parallelreactionmonitoring）的發展歷程。
定量蛋白質組學應用方向：驗證定量蛋白質組學結果、驗證翻譯后修飾蛋白質組學結果、目標蛋白質/相對定量分析、診斷標志物靶向篩選、診斷標志物驗證與定量、驗證基因表達產物。
