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多糖蛋白結合疫苗是將病原菌的莢膜多糖與載體蛋白通過共價結合的方式制備的疫苗。多糖疫苗對兒童，尤其是嬰幼兒的免疫效果差，當通過一定的化學手段將多糖與蛋白偶聯后就可以克服這一困難。多糖結合疫苗的研究起始于上世紀，研究者發現b型流感嗜血桿菌（Hib）和腦膜炎球菌C的莢膜多糖疫苗在免疫幼兒時未能誘導保護性抗體，而Goebel和Avery又于1929年證明，通過將多糖與蛋白質載體結合，可以增強純化的3型肺炎鏈球菌多糖在兔體內的免疫原性，因此從20世紀70年代中期開始世界范圍內陸陸續續的開始研制多糖蛋白結合疫苗。隨著科學的發展以及研究的深入，現在已經清楚了大多數多糖都不能作為有效的疫苗的原因是因為它們不能與淋巴生發中心（GCs）的T細胞上的受體相互作用；然而通過將蛋白衍生的多肽與多糖共價結合之后，T細胞就能夠參與刺激機體誘導保護性抗體的生成。針對細菌的多糖蛋白結合疫苗已經發展了近40年，目前范圍內成功應用的有針對流感嗜血桿菌的結合疫苗; 血清型A，C和ACWY腦膜炎球菌結合疫苗; 10至13種血清型的肺炎球菌結合疫苗; 和傷寒沙門氏菌疫苗。 這些疫苗在消除對人類禍害的疾病時，對嬰兒死亡率和發病率產生了巨大影響。例如，1999年大規模接種疫苗后，腦膜炎球菌C從英國被淘汰，非洲腦膜炎帶已經消除了腦膜炎球菌A侵襲性疾病的爆發。總體而言，細菌性腦膜炎和肺炎的發生率明顯下降。