將供試品注入微生物限度培養器內，通過檢驗儀自帶內置進口隔膜液泵負壓抽濾，將供試品中微生物截留在濾膜上，用取膜器取出濾膜，轉移至配置好的固體培養基上，菌面朝上，平貼。蓋上蓋子形成封閉的培養盒，置于相應的恒溫培養箱內培養并計數。
微生物限度檢查應在環境潔凈度10000 級下的局部潔凈度100 級的單向流空氣區域內進行。檢驗全過程必須嚴格遵守無菌操作，防止再污染。單向流空氣區域、工作臺面及環境應定期按《醫藥工業潔凈室(區)懸浮粒子、浮游菌和沉降菌的測試方法》的現行國家標準進行潔凈度驗證。
1.實驗前
1.1實驗用工器具的準備：檢測過程中用到的玻璃平皿需滅菌(濕熱滅菌121℃、30分鐘或干熱滅菌160℃、2小時)備用；剪刀、鑷子等需先用紗布包好，外包牛皮紙包好扎緊，滅菌(濕熱滅菌121℃、30分鐘)；移液管、槍頭等用報紙包好扎緊，滅菌(濕熱滅菌121℃、30分鐘)。
1.2培養基及稀釋液的準備：根據檢驗樣品，計算出培養基與稀釋液的用量，按照比例進行配置，包好，根據培養基與稀釋液的屬性，進行濕熱滅菌，備用。
1.3潔凈服準備：將當天所用潔凈服放入滅菌鍋中進行滅菌，備用；或使用已滅菌且在有效期內的潔凈服。
1.4確保實驗潔凈區域通風，觀察潔凈室各個規定區域的壓差是否符合規定，若不符合，及時通知設備部門，進行調整。
2.實驗中
2.1將實驗所需的平皿、培養基、工器具、稀釋液放入傳遞窗中，打開紫外燈，照射30分鐘。
2.2進入潔凈區域，手清潔消毒，換上潔凈服，進入檢查室，打開潔凈工作臺通風，用消毒劑擦拭臺面，取出傳遞窗中照射后物品，按照使用先后順序置于潔凈工作臺上，擺好后紫外照射30分鐘，人員退出檢查室，紫外照射結束后，繼續通風30分鐘，檢測人員方可進入檢查室進行實驗。
2.3實驗過程中需點酒精燈，拆開滅菌后包好的培養基外層，在近火焰處輕微灼燒培養基瓶口，打開瓶蓋，傾倒培養基至滅菌后的平板中，待冷凝后使用。
3.實驗后
3.1清潔及衛生：做完實驗后，用消毒劑對操作臺面進行擦拭消毒，待實驗培養物和實驗廢棄物傳出潔凈區域后，使用純化水對地面進行清潔。
3.2培養及結果觀察：需氧菌平板應在30-35℃下，培養3-5天，霉菌與酵母菌平板應在20-25℃下，培養5-7天，空白與陰性對照應無菌生長。
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