CUT&RUN：

染色質免疫沉淀 (ChIP) 和 ChIP-seq 等能夠比對蛋白-DNA 相互作用的方法的開發，使得人們越來越了解到異常的表觀遺傳調節可以引起許多人類疾病。核酸酶靶向切割和釋放 (CUT&RUN) 是一項可用于染色質分析的新技術。

CUT&RUN 是一種使用靶標特異性一抗和Protein A - Protein G - 微球菌核酸酶 (pAG-MNase) 分離特異性蛋白-DNA 復合體的體內方法[1, 2, 3]。從細胞到 DNA 只需 1 至 2 天，并且它可以自動化，實現大通量和可重復性[4]。

為了分離目標蛋白-DNA 復合體，首先收集細胞，然后讓其結合 Concanavalin A 包被的磁珠，以方便細胞處理，并在后續清洗過程中大程度減少細胞丟失。細胞膜用洋地黃皂苷透化，便于一抗進入胞核，在胞核，一抗會結合組蛋白、轉錄因子或目標輔因子。pAG-MNase 融合蛋白的 pAG 結構域隨后結合一抗重鏈，從而使酶靶向至目標染色質區域。添加 Ca2+ 可激活 pAG-MNase，以啟動 DNA 消化。這會使被切割的染色質復合體從基因組染色質中擴散出來、脫離胞核并進入樣品上清液，使用 DNA 離心柱或苯酚/氯仿提取后再行乙醇沉淀的方法便可從上清液中收集這些被切割的染色質復合體。

純化、富集的 DNA 隨后使用 qPCR 檢測和定量，或用下一代測序分析 (NGS) 與全基因組比對構建DNA 測序文庫。

艾美捷CUT&RUN RNA m6A-Seq試劑盒（P-9016）檢測原理：

EpiNext™ CUT&RUN RNA m6A-Seq試劑盒包含了從總RNA開始進行成功的m6A-Seq所需的所有必要試劑。在反應中，目標m6A含有區域兩端的RNA序列被切割/移除，并且使用結合有m6A捕獲抗體的珠子捕獲目標m6A含有片段。然后，目標m6A含有的RNA片段被回收、釋放、逆轉錄，并連接接頭。連接后的第一條鏈cDNA被擴增，然后用作文庫合成的模板。使用高保真PCR混合液進行文庫cDNA的擴增和索引。然后使用結合珠子清理cDNA。試劑盒中還包括一個陰性對照非免疫IgG，可以用來展示試劑盒的效果，并在富集RNA定量或生物分析儀分析步驟中展示性能。

庫片段的大小分布。用抗m6A抗體（EpigenTek，#A-1801）從3 ug總RNA中富集m6A片段，并用于DNA文庫制備。195 bps的峰值反映了m6A抗體結合的RNA的插入大小（約55 bps）。

CUT&RUN相關文獻：

1. Skene PJ, et al. Targeted in situ genome-wide profiling with high efficiency for low cell numbers. (2018) Nat. Protoc 13(5), 1006-1019. Pubmed29651053

2. Meers MP, et al. Improved CUT&RUN chromatin profiling and analysis tools.(2019) BioRxiv 1, 569129. bioRxiv 569129

3. Skene PJ and Henikoff S. An efficient targeted nuclease strategy for high-resolution mapping of DNA binding sites. (2017) Elife 6, e21865. Pubmed28079019

4. Janssens DH, et al. (2018) Epigenetics Chromatin 22(1), 74. Pubmed30577869