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免疫共沉淀（Co-immunoprecipitation，Co-IP）是以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎的，用于研究蛋白質間相互作用的經典方法，是確定兩種蛋白質在完整細胞內生理性相互作用的有效方法。

當細胞在非變性條件下被裂解時，完整細胞內存在的許多蛋白質－蛋白質間的相互作用被保留了下來。如下圖所示，如果用蛋白質A的抗體免疫沉淀A，那么與A在體內結合的蛋白質B也能沉淀下來。這種方法常用于測定兩種目標蛋白質是否在體內結合；也可用于確定一種特定蛋白質的新的作用搭檔。

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免疫共沉淀的操作方法本身較為簡單，我們abs955 IP/CoIP試劑盒說明書對操作流程有完整說明，但為了獲得更好的實驗結果，相關的實驗步驟需要根據實際情況進行優化。

1）裂解和洗滌緩沖液

裂解和洗滌緩沖液是維持復合物形成的關鍵因素。我們試劑盒配備的Lysis buffer使用優化的非變性裂解緩沖液，許多蛋白間的相互作用將保持完整。一般認為含有非離子型洗滌劑的低離子強度緩沖液（即<120mM NaCl）不太可能破壞蛋白間的相互作用。另外應避免在洗滌期間用超聲或渦旋處理的方法裂解細胞、裂解物或珠子結合的免疫復合物，以防止破壞復合物間的相互作用。離心過程中應輕柔處理樣品以確保減少復合物的損失。

2）固相支持物beads的選擇

用于免疫共沉淀的固相支持物一般有瓊脂糖珠和磁珠兩種。瓊脂糖珠由于其多孔表面、通常具有更高的結合能力，而磁珠在有條件的實驗室操作相對更簡便。我們的試劑盒配備優質Protein A/G 瓊脂糖珠，有效性經開發試驗充分驗證。

3）非特異性作用的高背景

由于細胞裂解物中存在大量蛋白質，因此在操作過程中可能會發生與目標復合物的非特異性結合。這些非特異性相互作用一般通過*清洗珠子結合的免疫復合物來打破，但也可以應用其他策略來優化非特異性結合，例如：

(1)、通過將鹽濃度從120mM滴定至1000mM來改變緩沖液的離子強度
(2)、減少一抗的使用量，直到信號干擾比大化
(3)、參考我們推薦的操作步驟，進行細胞裂解物預清除（可選步驟）

4）抗體污染（IgG交叉反應）的優化

免疫共沉淀Co-IP中常遇到的問題是在WB分析中來自抗體IgG條帶的干擾，IgG的輕重鏈在25kD和50kD左右，并且在SDS-PAGE中可能會有<5kD的偏移。針對這種情況可以采用以下幾種方法進行優化：

(1)、IP和WB采用不同來源抗體，IP為鼠源則WB可以選用兔抗。
(2)、采用特異性識別IgG輕鏈或者重鏈的二抗，如目的蛋白與IgG輕鏈接近、則可采用重鏈二抗。
(3)、運用交聯劑將IP抗體和Protein A/G -Beads交聯，通過添加不含巰基乙醇的加樣緩沖液處理目的蛋白-抗體- (4)、Protein A/G-beads復合物，后離心去除復合物，上清中只留下目的蛋白。
(5)、將常用的融合標簽摻入用于Co-IP主要靶蛋白中時，預固定的抗融合標簽抗體可用于蛋白質復合物純化。
WB分析前，可以考慮采用低pH洗脫來代替煮沸，低pH值（2-3）可以降低抗原/抗體相互作用、從而將抗原和抗體分離（如1M甘氨酸緩沖液，pH 2-3），注意電泳前需平衡pH。

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